简介:植物通过光合作用将光能转换为化学能,捕光色素结合(LHC)蛋白与色素形成的复合体在捕获、传递和转化光能过程中发挥着重要作用,因此研究毛竹(Phyllostachysedulis)LHC基因结构及表达模式对于揭示其在毛竹光合作用中的功能具有重要意义。采用生物信息学的方法,对毛竹基因组中的LHC基因进行了系统分析。结果表明,在毛竹中共有29个LHC基因同源序列,其包含的内含子数量为0~5个。序列分析表明,29个LHC基因编码的蛋白分别属于光系统Ⅰ和光系统Ⅱ的捕光色素结合蛋白家族LHCⅠ和LHCⅡ。LHCⅠ包含5个亚家族(Lhca1-Lhca5),除了Lhca4含有3个成员外其他亚家族只有1个成员;而LHCⅡ包含6个亚族(Lhcb1-Lhcb6),每个亚家族的成员不同,其中Lhcb1的成员最多为7个。亲疏水性预测表明,不同亚家族成员存在着一定差异。蛋白结构预测发现,29个蛋白均包含导肽和成熟蛋白,具有跨膜结构域,均包含色素结合位点;其中12个蛋白的组成以α-螺旋为主,17个蛋白的组成以随机卷曲为主。基因表达谱分析表明,大多数LHC基因主要在叶片和花序中表达,笋中略有表达,而根和鞭中几乎检测不到表达。研究结果为进一步研究毛竹LHC基因的功能奠定了基础。
简介:目前,在铁皮石斛多糖的研究主要集中在多糖的结构、生物活性等方面,对多糖合成相关基因研究较少,本研究通过对‘红鑫1号’铁皮石斛幼苗期和二年生植株以及‘红鑫6号’铁皮石斛二年生植株叶、茎、根三部位蔗糖合成酶基因进行RT-PCR扩增与测序,发现‘红鑫1号’与‘红鑫6号’铁皮石斛的蔗糖合成酶前体mRNA存在拼接差异的现象,主要形成三种不同的mRNA转录本,其翻译得到的蔗糖合成酶,结构功能没有改变;分析序列的可变剪切的差异;同时对铁皮石斛叶、茎、根嬲的表达量进行半定量RT-PCR检测,蔗糖合成酶基因在植株中不同部位表达量不同,其表达模式表现为茎〉叶〉根。本研究为铁皮石斛蔗糖合成酶基因功能研究提供了科学依据。
简介:锚蛋白重复序列模体是生物体内最普遍的蛋白质序列模体之一,在多种细胞活动中主要介导蛋白质-蛋白质的相互作用。本研究利用菜豆基因组数据库,通过生物信息学手段对菜豆ANK家族成员及分子生物学特性进行了鉴定。结果显示,菜豆基因组中含有30个ANK家族基因,分布于9条染色体上,其中第5条染色体上含有的ANK基因最多,包含13个基因。蛋白结构域分析发现,ANK25除了含有ANK结构域外还含有RING结构域。亚细胞定位结果显示,ANK25主要分布在细胞膜上。表达模式分析发现,ANK25对干旱、盐和ABA胁迫有响应。本研究为进一步研究菜豆ANK的分类及功能提供了有利的依据。
简介:公共利益的立法指标体系包括价值指标、内容指标和技术指标,立法内容应包括公共利益的内涵和范围、立法主体和立法权、认定主体和认定权、认定原则和认定标准、认定方法和认定程序、异议处理程序、司法救济机制等。公共利益立法例有概括式、列举式、折中式等几种,这与各国的社会现状相吻合,无所谓孰优孰劣之分。我国应采取“以宪法统领公共利益,以部门法规范公共利益”的公共利益立法路径,通过概括条款、列举条款、兜底条款、排除条款等形式界定公共利益。
简介:摘要目的探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关(r=0.475,P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。结论AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
简介:目的骨关节炎(OA)是骨科常见疾病,但其致病基因和相关通路尚不清楚。本研究的主要目的是筛查骨性关节炎发病的核心基因,以揭示其分子发病机制。方法表达谱芯片GSE55235下载自GEO数据库,原始数据经生物信息学分析后得出差异基因。通过DAVID数据库对差异基因进行基因本体论和通路分析。通过STRING数据库对差异基因进行蛋白互作网络分析。结果本研究中,共有10例骨性关节炎滑膜组织和10例健康对照组滑膜组织纳入分析。使用P〈0.05和|logFC|〉2作为阈值,我们从表达谱数据芯片GSE55235筛选出差异基因。通过蛋白互作网络分析我们筛选出骨性关节炎OA的核心基因IL-6和VEGFA。结论IL-6和VEGFA基因可能是骨性关节炎的核心基因,这些基因和其相关通路可能是骨性关节炎分子诊断标志物和潜在的药物治疗靶点。
简介:摘要目的研究前列腺癌局部免疫细胞的浸润模式,探讨免疫细胞在前列腺癌发生发展中的作用。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载正常前列腺及前列腺癌组织基因表达谱芯片数据集,通过R、SPSS软件计算两组中22种免疫细胞的比例,并比较两组之间免疫细胞比例的差异,计算前列腺癌组织中免疫细胞之间的相关系数。结果下载数据集GSE62872,得到样本共424例,包含正常前列腺组织160例、前列腺癌组织264例,每例样本均检测mRNA 20 228个,数据校正后使用反卷积算法得到22种免疫细胞的比例数据,采用P<0.01筛选样本,得到正常前列腺组织63例、前列腺癌组织57例。前列腺癌组织中浸润水平较高的免疫细胞包括:CD8+ T细胞[(23.48±6.16)%]、浆细胞[(18.46±5.74)%]、单核细胞[(12.15±3.82)%]、活化的NK细胞[(11.11±2.97)%]。构成比相关系数较大的免疫细胞包括:CD8+ T细胞与未活化的CD4+记忆性T细胞(r=-0.609,P<0.01),M0型巨噬细胞与M2型巨噬细胞(r=-0.596,P<0.01)。相比于正常组织,M1型巨噬细胞及未活化树突细胞浸润程度增加,差异均具有统计学意义(Z=-2.783,P=0.005;Z=-2.129,P=0.033)。结论前列腺癌肿瘤微环境中浸润的免疫细胞主要以CD8+ T细胞、浆细胞、单核细胞、活化的NK细胞为主,M0型巨噬细胞在肿瘤微环境的作用下主要向M2型分化,可能参与前列腺癌发生发展过程,为寻找潜在免疫治疗靶点提供新的线索。