简介:通过利用新一代高通量测序手段——转录组测序(RNA-Seq)技术研究巴西蕉(Musaparadisiaca)叶片在60mmol/LNaCl人工模拟盐胁迫0、12h、24h不同时间点的转录组分析。结果表明:盐胁迫12h上调和下调的DEGs(differential-expressedgenes)分别为2938个和2727个;24h分别有834个和893个。GO富集分析,差异基因主要在细胞过程、代谢过程、刺激响应、结合以及催化活性等。KEGG分析,差异基因主要涉及代谢途径、光合作用、黄酮类生物合成、苯丙素生物合成等。通过GO和KEGG显著性富集分析发现,NaCl胁迫12h后差异表达的基因数明显多于24h胁迫后的差异基因表达数。qRT-PCR验证了DEGs的表达趋势与RNA-Sep测序分析结果的一致,证明了RNA-Sep结果的准确性。本研究通过香蕉叶片转录组分析,为研究香蕉耐盐分子机制提供参考。
简介:摘要目的探讨B组链球菌(GBS)阳性的早产孕妇中白细胞介素6(IL-6)和磷酸化信号转导及转录活化因子3(p-STAT3)的表达及其与早产的关系。方法选择深圳市福田区妇幼保健院2018年6月至2019年6月门诊产前检查至住院待产的孕妇1 950例中GBS阳性者共122例。对GBS阳性早产20例(早产组)、足月胎膜早破者33例(胎膜早破组)、足月阴道分娩孕妇66例(足月分娩组)、流产3例(流产组)及同期GBS阴性孕妇20例(GBS阴性对照组)的阴道分泌物制备悬浮液,采用ELISA法检测IL-6浓度,Western blot检测p-STAT3、p-Akt和NF-κB亚基p65的表达。结果入组孕妇GBS阳性率为6.25%(122/1 950),其中流产、早产、足月胎膜早破和足月分娩孕妇分别占2.45%(3/122)、16.12%(20/122)、26.62%(33/122)和53.66%(66/122)。GBS阳性早产组孕妇IL-6表达[(0.065 ± 0.034)pg/ml]显著高于GBS阳性足月产者[(0.045 ± 0.021)pg/ml](t =-3.192、P = 0.002)和GBS阴性者[(0.043 ± 0.020)pg/ml](t =-2.494、P = 0.017),差异均有统计学意义。p-STAT3在GBS阳性早产病例中的表达(灰度值:0.06 ± 0.03)显著高于GBS阴性对照组(灰度值:0.04 ± 0.01),差异有统计学意义(t =-2.981、P = 0.005);GBS阳性早产组和GBS阴性对照组p-Akt灰度值分别为(0.035 ± 0.02)和(0.07 ± 0.03),差异有统计学意义(t = 4.341、P = 0.001);p65灰度值分别为(0.045 ± 0.02)和(0.085 ± 0.04),差异有统计学意义(t = 4.000、P = 0.003)。结论GBS阳性病例早产可能与阴道分泌物中IL-6、p-STAT3、p-Akt和p65高表达有密切关系。
简介:摘要目的观察胸腔热灌注(IHP)对兔急性肺损伤(ALI)中Toll样受体4(TLR4)/核转录因子(NF-κB)/p38丝裂原活化蛋白激酶(p38MAPK)炎症信号通路的影响。方法新西兰大白兔31只,按随机数字表法分为4组,假撞击组(A组,7只)、胸部撞击组(B组,8只)、撞击+35 ℃常温灌注组(C组,8只)和撞击+43 ℃度热灌注组(D组,8只),垂直撞击兔右侧胸部,建立ALI模型行IHP,酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测肺组织中热休克蛋白70(HSP70)及肺泡灌洗液中白细胞介素(IL)-1、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF-α)的含量。荧光定量PCR技术检测肺组织中NF-κB、p38MAPK、TLR4。蛋白质印迹法(Western blot)检测肺组织p-ATF2、磷酸化蛋白p38(p-p38)蛋白表达情况,并进行组间比较,组间比较采用t检验。结果IHP12 h后,D组的HSP70(17.40±2.30)高于A组(5.30±2.40)、B组(6.10±2.10)、C组(6.20±2.60),差异有统计学意义(t=9.126、10.262、9.963,P<0.05)。D组NF-κB的mRNA(2.74±0.10)高于A组(0.73±0.13)、B组(1.85±0.07)、C组(1.41±0.28),差异有统计学意义(t=33.823、20.623、12.652,P<0.05)。D组p38MAPK的mRNA(2.49±0.23)高于A组(0.39±0.12)、B组(1.43±0.16)、C组(1.25±0.08),差异有统计学意义(t=21.648、10.701、14.403,P<0.05)。D组TLR4的mRNA(3.41±0.32)高于A组(0.56±0.18)、B组(2.32±0.18)、C组(1.73±0.11),差异有统计学意义(t=22.347、8.397、14.043,P<0.05)。D组磷酸化活化转录因子2(p-ATF2)的蛋白灰度值(1.04±0.12)高于A组(0.48±0.11)、C组(0.65±0.08),差异有统计学意义(t=9.369、7.649,P<0.05)。D组p-p38的蛋白灰度值(0.79±0.13)高于A组(0.37±0.09)、C组(0.53±0.07),差异有统计学意义(t=7.162、4.981,P<0.05)。D组的TNF-α(50.30±7.70)低于B组(94.40±5.80)和C组(79.60±8.40),差异有统计学意义(t=-12.939、-7.273,P<0.05)。D组的IL-1(63.40±9.70)低于B组(135.70±6.80)和C组(103.20±8.40),差异有统计学意义(t=-17.263、-8.773,P<0.05)。D组的IL-6(34.20±3.70)低于B组(78.40±2.90)和C组(56.70±2.80),差异有统计学意义(t=-26.593、-13.715,P<0.05)。结论胸腔热灌注通过TLR4/NF-κB/p38MAPK信号通路的高表达,对炎症反应具有抑制作用。
简介:目的探讨叉头框转录因子M1(FOXM1)、Slug及上皮间质转化的相关蛋白E-钙黏蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(vimentin)在基底细胞样乳腺癌(BLBC)、非基底细胞样乳腺癌(non-BLBC)及癌旁乳腺组织中的表达及其临床意义。方法采用免疫组织化学MaxVision法对2005年1月至2014年5月在本院治疗的95例BLBC及其癌旁乳腺组织和100例non-BLBC中FOXM1、Slug、E-cadherin及vimentin的表达进行检测。计数资料的分析运用χ2检验,相关性分析采用Spearman相关性分析。结果在95例BLBC中,FOXM1、Slug和vimentin蛋白的阳性表达率分别为76.84%(73/95)、67.36%(64/95)及52.63%(50/95),显著高于其在non-BLBC[57.00%(57/100)、47.00%(47/100)、31.00%(31/100)]及癌旁乳腺组织[25.26%(24/95)、26.31%(25/95)、9.47%(9/95)]中的表达(χ^2=51.673、32.146、41.337,P均=0.000)。BLBC中E-cadherin的阳性表达率为27.37%(26/95),显著低于其在non-BLBC[51.00%(51/100)]及癌旁乳腺组织[75.79%(72/95)]中的表达(χ^2=44.590,P=0.000)。FOXM1、Slug、E-cadherin及vimentin的表达均与BLBC的淋巴结转移及临床分期有关,差异具有统计学意义(χ^2=4.348、4.669、18.387、21.287,P均〈0.050;χ^2=7.752、5.366、4.230、7.167,P均〈0.050)。BLBC中,FOXM1、Slug与vimentin的表达呈正相关(r=0.279,P=0.006;r=0.284,P=0.005),与Ecadherin表达呈负相关(r=-0.503,P=0.000;r=-0.378,P=0.000),FOXM1与Slug的表达呈正相关(r=0.310,P=0.002)。E-cadherin与vimentin的表达呈负相关(r=-0.363,P=0.000)。结论FOXM1及Slug通过抑制E-cadherin表达、促进vimentin表达从而促进了BLBC的局部侵袭和远处转移,可以作为BLBC预后评价的指标。
简介:摘要目的探讨G蛋白耦联受体30(GPR30)与Hippo-Yes相关蛋白(YAP)/转录共激活因子PDZ结合基序(TAZ)信号通路在甲状腺乳头状癌发生、发展中的影响。方法收集福建医科大学附属第二医院2019年9月至2020年4月之间40例甲状腺乳头状癌及癌旁组织标本,分析GPR30、YAP、TAZ mRNA及蛋白表达,并分析三者mRNA表达量与甲状腺乳头状癌病理资料之间的关系。采用GPR30特异性激动剂G1及抑制剂G15处理人甲状腺乳头状癌细胞系(TPC-1),分析GPR30、YAP、TAZ表达变化。采用噻唑蓝(MTT)法、流式细胞仪等检测细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡,细胞衰老的检测应用β-半乳糖苷酶染色法,细胞迁移侵袭采用Transwell实验。采用配对t检验分析各组数据差异。用t检验评估GPR30、YAP、TAZ表达与具体病理资料之间的关系。用皮尔森(Person)相关分析评估GPR30表达量与YAP、TAZ表达量的关系。结果40例甲状腺乳头状癌组织中GPR30、YAP、TAZ的表达在转录及翻译水平均明显高于癌旁组织(癌与癌旁mRNA相对表达量分别为3.438±0.123比2.463±0.747,t=7.786,P<0.01;3.325±0.111比2.638±0.541,t=8.285,P<0.01;2.581±0.089比2.041±0.418,t=8.068,P<0.01;癌及癌旁蛋白相对表达量分别为1.838±0.074比1.172±0.211,t=13.333,P<0.01、1.735±0.152比1.200±0.321,t=7.641,P<0.01、2.265±0.024比1.310±0.301,t=13.915,P<0.01),差异均有统计学意义。GPR30的mRNA表达与淋巴结转移(3.519±0.094比3.328±0.096,t=3.786,P<0.01)和肿瘤大小(<2 cm为3.424±0.116,≥2 cm为3.600±0.099,t=2.553,P<0.05)明显相关,与年龄、性别、腺外侵犯、病灶数量无明显相关。YAP、TAZmRNA表达与淋巴结转移(3.395±0.105比3.283±0.093,t=3.519,P<0.01;2.627±0.117比2.554±0.053,t=2.686,P<0.05)明显相关,与年龄、性别、肿瘤大小、腺外侵犯、病灶数量无明显相关。GPR30特异性激动剂G1处理TPC-1细胞后,GPR30 mRNA表达量高于对照组(1.224±0.067比0.976±0.048,t=5.212,P<0.01),YAP、TAZ表达量高于对照组(分别为1.359±0.096比0.995±0.004,t=6.562,P<0.01;1.311±0.024比0.985±0.066,t=8.040,P<0.01),促进细胞的增殖(0.381±0.002、0.523±0.003、0.754±0.004比0.359±0.004、0.476±0.003、0.665±0.003,t=8.521、19.190、30.830,P<0.01)、侵袭(422.33±7.23比210.00±3.61,t=45.510,P<0.01)、迁移(550.67±10.69比229.67±8.33,t=41.030,P<0.01),抑制细胞的衰老(0.052±0.001比0.094±0.001,t=51.440,P<0.01)、凋亡[(1.8±0.2)%比(5.8±0.3)%,t=19.220,P<0.01],差异均有统计学意义。结论GPR30、YAP、TAZ的的高表达可能与甲状腺乳头状癌淋巴结转移以及预后相关,GPR30可能通过Hippo-TAZ/YAP通路促进甲状腺乳头状癌的发生、发展。
简介:摘要目的探讨转录因子7类似物2(transcription factor 7-like 2,TCF7L2)基因多态性及表达在绝经后2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)合并骨质疏松(osteoporosis,OP)患者中的作用及相关机制。方法选择2019年1月至2020年6月在宁波大学医学院附属医院就诊的148例绝经后T2DM女性患者作为研究对象。其中合并OP 86例(T2DM+OP组),未合并OP 62例(T2DM组),并纳入同期在本院进行健康体检的100例自然绝经后健康女性作为对照组。抽取空腹静脉血,检测临床和骨代谢指标;采用毛细管电泳和片段分析(SNaPshot)技术对TCF7L2基因的两个SNP位点rs7901695(T>C)、rs290487(C>T)进行分型;采用实时荧光定量聚合酶链式反应检测法测定TCF7L2基因mRNA的相对表达量。构建过表达和沉默慢病毒载体,探究TCF7L2过表达和沉默对大鼠成骨细胞增殖的影响。结果对于rs7901695位点,T2DM+OP组、T2DM组和对照组间的TT、TC和CC基因型分布差异有统计学意义(χ2=12.545,P=0.014),3组间的T、C等位基因频率分布差异有统计学意义(χ2=17.089,P<0.001)。对于rs290487位点,T2DM+OP组、T2DM组和对照组间的CC、CT和TT基因型分布差异有统计学意义(χ2=10.500,P=0.033),3组间的C、T等位基因频率分布差异有统计学意义(χ2=14.665,P=0.001)。对于rs7901695位点,携带CC+TC基因型的T2DM+OP患者FPG、TG水平显著高于携带野生型TT基因型的患者(FPG:t=2.559,P=0.014;TG:t=2.034,P=0.036),而血钙和25OHD3水平显著低于后者(血钙:t=3.889,P<0.001;25OHD:t=4.112,P<0.001);对于rs290487位点,携带TT+CT基因型的T2DM+OP患者血钙、BGP和25OHD3水平均显著低于携带野生型CC基因型的患者,差异有统计学意义(血钙:t=3.751,P<0.001;BGP:t=2.731,P=0.007;25OHD3:t=3.225,P=0.002)。T2DM+OP患者TCF7L2基因mRNA相对表达量显著低于T2DM组和对照组(F=5.735,P<0.05);随着rs7901695位点C等位基因的增加,TCF7L2基因mRNA相对表达量逐渐降低(F=5.723,P<0.05)。此外,TCF7L2过表达的大鼠成骨细胞增殖率显著升高,而TCF7L2沉默的成骨细胞增殖水平显著下降(F=7.846,P<0.05)。结论在绝经后T2DM女性中,TCF7L2基因变异会导致基因表达水平降低,抑制成骨细胞的增殖,从而参与到OP的发病机制中。
简介:目的探讨信号传导与转录激活因子3(STAT3)和E-钙黏蛋白(E—cadherin)及波形蛋白(vimentin)在结肠癌组织中的表达及其临床意义。方法收集70例结肠癌患者结肠癌组织和相应癌旁组织标本.应用免疫组织化学方法检测STAT3、E-cadherin和vimentin的表达,分析其与结肠癌临床病理特征的关系及三者表达之间的相关性。结果STAT3、E-cadherin及vimentin在结肠癌组织中阳性表达分别为52例(74.3%)、23例(32.9%)和55例(78.6%),在癌旁组织阳性表达分别为13例(15.7%)、58例(82.9%)和9例(12.9%),差异均有统计学意义(均P〈0.01)。STAT3、E-cadherin及vimentin的表达均与肿瘤分化程度、浸润深度、淋巴结转移及TNM分期有关(均P〈0.05)。STAT3表达与vimentin表达呈正相关.而与E-cadherin表达呈负相关(均P〈0.01)。结论STAT3、E-cadherin及vimentin与结肠癌关系密切,其表达水平可作为判断结肠癌病程和预后的参考指标之一.
简介:背景:血管内皮细胞能够促进骨髓间充质干细胞向成骨方向转变,为干细胞的成骨分化提供营养支持。目的:观察人脐静脉血管内皮细胞在联合培养体系中对人骨髓间充质干细胞形态、生长、细胞分化及其侏儒相关转录因子基因表达的影响。方法:在联合培养装置中,取第3代人骨髓间充质干细胞与第3代人脐静脉血管内皮细胞联合培养(实验组),设立单纯骨髓间充质干细胞培养组(对照组),于培养第4,6,10天观察骨髓间充质干细胞形态变化,细胞碱性磷酸酶活性及侏儒相关转录因子基因表达情况。结果与结论:与对照组比较,实验组中细胞形态呈多样化,后期部分细胞之间出现了连接及融合,成骨分化明显。对照组各个时间点细胞碱性磷酸酶活性无明显变化,实验组各时间点碱性磷酸酶活性高于对照组(P〈0.05),且实验组第6,8天细胞侏儒相关转录因子基因表达量为对照组4倍左右(P〈0.01)。表明在联合培养体系中,静脉内皮细胞能促进骨髓间充质干细胞侏儒相关转录因子基因的表达,并诱导其向成骨细胞方向分化。
简介:摘要视网膜由多类细胞组成,每类细胞都有着独特的生物学功能。即使是同类细胞,也会因遗传异质性导致细胞功能出现差异。以往传统的研究手段无法分辨这些差异,有些细胞由于缺乏特异性分子标记或数量稀缺也难以定义,阻碍了人们对这些细胞的认识及研究。随着生物技术的发展,单细胞转录组测序技术可以获得单个细胞转录组表达谱、识别细胞间异质性、鉴别细胞亚类及稀有细胞群,揭示每个细胞的转录组表达谱特征和功能差异,剖析细胞的起源、功能及变异特征。可获得与疾病相关的特征性细胞亚类及特异性差异表达基因,加深我们对疾病起因、发展的理解,也为临床诊断及靶向治疗提供帮助。
简介:摘要近年来,新型冠状病毒肺炎、流行性感冒、埃博拉出血热等病毒性疾病呈现愈演愈烈、愈发愈快的趋势。为保障人民健康和国民经济的稳定运行,研究病毒的致病机理与宿主免疫调控机制,解析病毒与宿主的基因表达调控规律,监测病原病毒与防治病毒病的重要性逐渐凸显。转录组测序是一类在RNA水平上关注基因在特定时空状态下表达特征的技术,是分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着分子生物学实验技术的进步和生物信息学分析平台的成熟,转录组学研究向着低成本、低技术门槛的方向发展,逐渐从理论研究领域向临床实验室过渡,改变着临床工作人员对病毒与病毒病的传统认知,被越来越多的用于病毒转录机制、病毒与宿主的免疫互作、追踪疾病进展以及抗病毒药物研发等方面研究。本文主要对宏转录组的技术流程、常用软件以及病毒与病毒病方向的应用场景进行综述,并对细胞群转录组、单细胞转录组、单细胞核转录组以及空间转录组的方法与应用进行简要介绍,以期为病毒转录机制研究与病毒病的防控提供方法学参考。
简介:为了找出差异基因用于高油酸油菜育种,对两个油酸含量不同的高油酸油菜材料(油酸含量分别为84.4%和56.2%)成熟期种子进行转录组分析和实时荧光定量PCR分析。IlluminaHiseq,M2000测序得到8.09Gbcleanreads,组成52361个unigene,平均长度为659bp。比对公共数据库得到48911f93.41%)个氨基酸序列。鉴定出6414个在高油酸油菜和低油酸油菜中差异显著的基因,这些基因有1296个在高油酸油菜中上调表达(20.21%),5118个下调表达(79.79%),共有2043个差异基因在119个代谢通路中富集表达。将其中14个与脂肪酸代谢和光合作用相关基因进行荧光定量PCR验证。Bna0799930,Bna0104450和Bna0305890在高油酸油菜中上调表达,其余的下调表达。Bna0501620,Bna0391450和Bna0084310在高油酸油菜中的表达量超过低油酸油菜中表达量2倍以上,分别为4.48倍,4.21倍和2.26倍。这些新发现的差异基因可用于高油酸油菜分子育种研究。