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  • 简介:摘要目的探究LINC00662能否靶向微小RNA(miR)-186-5p/叉头框转录因子D1(FOXD1)轴调控乳腺癌MCF-7细胞增殖、迁移和侵袭。方法实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测28例乳腺癌组织和癌旁组织中LINC00662、miR-186-5p和FOXD1 mRNA表达,蛋白质印迹法(Western blot)检测FOXD1蛋白表达。分别转染LINC00662小干扰RNA(si-LINC00662)、共转染si-LINC00662与miR-186-5p抑制剂、si-LINC00662与FOXD1过表达载体至MCF-7细胞,细胞计数试剂盒(CCK-8)和克隆形成实验检测细胞增殖,Transwell检测细胞迁移和侵袭,Western blot检测p21、E-钙黏蛋白(E-cadherin)、基质金属蛋白酶(MMP)-2和FOXD1蛋白表达。双荧光素酶报告系统验证LINC00662与miR-186-5p、miR-186-5p与FOXD1的调控关系,两组间比较采用独立样本t检验。结果乳腺癌组织组中LINC00662(1.01±0.08比2.36±0.09,t=59.324,P<0.01)、FOXD1水平(0.97±0.07比1.93±0.09,t=44.553,P<0.01)高于癌旁组织,miR-186-5p水平(0.96±0.05比0.34±0.04,t=51.236,P<0.01)低于癌旁组织。si-LINC00662组克隆形成数[(114.00±7.93)个比(62.00±5.81)个,t=15.869,P<0.01]、迁移细胞数[(164±10.03)个比(75±7.14)个,t=21.687,P<0.01]、侵袭细胞数[(103.00±7.83)个比(44.00±4.35)个,t=19.761,P<0.01]少于si-NC组,存活率[(100.03±8.12)%比(52.29±5.34)%,t=14.737,P<0.01]、MMP-2(0.71±0.05比0.24±0.03,t=24.181,P<0.01)蛋白水平低于si-NC组,P21(0.15±0.02比0.58±0.04,t=28.845,P<0.01)、E-cadherin(0.23±0.02比0.66±0.04,t=28.845,P<0.01)蛋白水平高于si-NC组。LINC00662靶向负调控miR-186-5p;miR-186-5p靶向负调控FOXD1。si-LINC00662+抗miR-186-5p组克隆形成数[(60.00±±5.62)个比(102.00±7.23)个,t=13.759,P<0.01]、迁移细胞数[(74.00±7.26)个比(131.00±9.91)个,t=13.920,P<0.01]、侵袭细胞数[(45.00±4.41)个比(88.00±5.67)个,t=17.959,P<0.01]多于si-LINC00662+抗miR-NC组,存活率[(52.31±5.35)%比(85.06±6.46)%,t=11.714,P<0.01]、MMP-2(0.23±0.03比0.59±0.04,t=21.600,P<0.01)蛋白水平低于si-LINC00662+抗miR-NC组,P21(0.57±0.04比0.26±0.03,t=17.400,P<0.01)、E-cadherin(0.64±0.04比0.35±0.03,t=12.969,P<0.01)蛋白水平高于si-LINC00662+抗miR-NC组。结论LINC00662通过发挥miR-186-5p分子海绵上调FOXD1促进乳腺癌MCF-7细胞增殖、迁移和侵袭。

  • 标签: 乳腺癌 微小RNA 增殖 迁移 侵袭
  • 简介:摘要目的探讨Janus激酶信号转导及转录激活因子(JAK-STAT)信号通路在Neurogin2基因(Ngn2)诱导的神经潜能骨髓间充质干细胞(Ngn2-MSCs)移植治疗大鼠局灶性脑缺血/再灌注(MCAO)损伤中的作用。方法体外培养大鼠MSCs细胞,并将Ngn2基因通过慢病毒转染MSCs细胞;20只SD大鼠按照随机数字表法分为两组,制备大鼠MCAO模型,分别设为Ngn2-MSCs移植组、Ngn2-MSCs+JAK-STAT通路抑制剂(AG490)移植组。干细胞移植后0、12、24、48、60、72、90 h进行神经缺陷症状评分单因素方差分析,蛋白质印迹法(Western blot)检测STAT3及磷酸化STAT3蛋白表达水平,并采用两均数成组设计资料t检验分析。原位缺口末端标记法(TUNEL)法检测脑缺血再灌注区细胞凋亡水平并采用单因素方差分析。结果Ngn2转染MSCs后,Ngn2-MSCs细胞表现出向神经细胞分化的潜能,Western blot检测提示干细胞移植后脑组织JAK-STAT3信号通路12 h开始STAT3蛋白磷酸化激活,48 h达到高峰,90 h后逐渐下降,均高于0 h(12 h:t=4.780,48 h:t=6.991,90 h:t=4.578,P均<0.05)。实验组细胞凋亡数量48 h[(20.5±2.1)个/高倍镜视野]及其他时间点均低于对照组(组间F=13.372,P<0.05),神经缺陷评分(2.51±0.16 48 h及之后时间点)均低于对照组(组间F=6.990,P<0.05)。结论干细胞移植治疗大鼠脑缺损损伤中,JAK-STAT3通路磷酸化激活与神经损伤相关,抑制JAK-STAT3通路磷酸化水平可以降低细胞移植区细胞凋亡水平,提高干细胞移植存活率,从而起到神经保护作用。

  • 标签: 脑缺血/再灌注损伤 Janus激酶信号转导及转录激活因子通路磷酸化 干细胞移植
  • 简介:摘要目的探讨两面神激酶2/信号传导及转录激活因子3(JAK2/STAT3)信号通路在地塞米松(DEX)诱导成骨细胞MC3T3-E1凋亡中作用机制。方法将成骨细胞MC3T3-E1分为3组,分别为对照组、DEX组、DEX+AG490组。对照组只加入正常培养基,DEX组加入200 μmol/L的DEX培养,DEX+AG490组预先给予50 μmol/L的AG490处理后加入200 μmol/L的DEX培养。采用细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞凋亡率,蛋白印迹法检测通路蛋白及凋亡蛋白的表达。组间比较采用t检验。结果对照组、DEX组、DEX+12.5、25、50、75 μmol/L的AG490的细胞存活率分别为(97.74±1.45)%、(52.05±5.50)%、(54.98±3.77)%、(70.99±4.15)%、(81.53±6.43)%、(79.16±7.35)%。表明DEX明显使成骨细胞MC3T3-E1活力降低(t=11.364,P<0.001),50 μmol/L JAK2/STAT3通路抑制剂(AG490)明显抑制了DEX对成骨细胞MC3T3-E1活力的降低作用(t=4.928,P<0.01)。对照组、DEX组、DEX+AG490组的细胞凋亡率分别为(6.067±0.545)%、(26.233±2.631)%和(8.463±1.179)%。表明DEX明显诱导成骨细胞MC3T3-E1凋亡(t=12.999,P<0.001),经AG490处理后,DEX诱导的成骨细胞MC3T3-E1凋亡明显受到抑制(t=10.675,P<0.001)。蛋白质印迹法(Western blot)检测正常组、DEX组、DEX+AG490组p-JAK2蛋白表达分别为1.000±0.323、2.839±0.640、0.286±0.068,p-STAT3蛋白表达分别为1.000±0.245、3.471±0.157、0.618±0.078,bax蛋白表达分别为1.000±0.083、6.571±0.405、3.048±0.905,bcl-2蛋白表达分别为1.000±0.086、0.207±0.040、0.563±0.083,cleaved Caspase-3蛋白表达分别为1.000±0.192、5.685±0.699、3.411±0.247。DEX组较对照组p-JAK2、p-STAT3、cleaved Caspase-3、bax的表达明显增加,bcl-2的表达明显减少(t=4.429、14.912、11.100、23.561、14.565,P<0.05),AG490+DEX组较DEX组p-JAK2、p-STAT3、cleaved Caspase-3、bax的表达明显减少,bcl-2的表达明显增加(t=6.860、28.404、5.262、6.185、6.721,P<0.01)。结论DEX通过JAK2/STAT3信号通路,调节cleaved Caspase-3、bax、bcl-2的表达,诱导成骨细胞MC3T3-E1凋亡。

  • 标签: 两面神激酶2/信号传导及转录激活因子3信号通路 地塞米松 成骨细胞MC3T3-E1 凋亡
  • 简介:摘要目的探讨可变剪接调控RE-1序列沉默转录因子(REST)在血管平滑肌细胞(VSMC)表型转化及腹主动脉瘤(AAA)发生发展中起到的作用。方法检测人AAA组织和小鼠AAA模型及对照正常动脉中膜VSMC形态和弹性纤维改变;实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)、蛋白质免疫印迹法(western blot)检测AAA组织及对照正常动脉组织中REST及其剪接异构体REST4的表达。RT-qPCR和Western blot检测沉默REST对人原代主动脉平滑肌细胞(HASMC)收缩型标志物α-SMA、合成型标志物波形蛋白(VIM)以及钾离子通道Kv1.3蛋白表达水平的影响。细胞增殖检测法(CCK-8)和细胞结晶紫染色实验检测沉默REST后HASMC增殖能力的改变。t检验验证定量数据的统计学差异。结果人和小鼠AAA中膜平滑肌细胞形态由梭型向分支型转化,AAA组REST表达低于对照组、REST4表达高于对照组(REST=0.143±0.086,t=5.672, P<0.05;REST=115.245±8.909,t=21.460, P<0.01)。沉默REST后,α-SMA表达量低于对照组,VIM和Kv1.3表达量高于对照组(α-SMA=0.335±0.030,t=9.711,P<0.01;VIM=10.177±0.728,t=15.170, P<0.01;Kv1.3=13.427±1.103,t=14.690, P<0.01),同时沉默REST后,VSMC增殖能力高于对照组(A450:2.41±0.27比3.85±0.14,t=6.744,P<0.01;光密度值:29.00±2.46比348.25±27.36,t=16.440,P<0.01)。上述作用可被Kv1.3特异性抑制剂逆转(α-SMA=2.448±0.498,t=4.314,P<0.05;VIM=0.758±0.030,t=4.018,P<0.05)。结论AAA中膜平滑肌细胞中REST可变剪接上调,抑制REST功能,激活Kv1.3表达,进而诱导VSMC表型转化。

  • 标签: 腹主动脉瘤 平滑肌细胞 钾离子通道
  • 简介:摘要目的探讨选择性自噬接头蛋白(P62)、微管相关蛋白轻链3(LC3)和信号转导与转录激活因子3(STAT3)在食管鳞癌(ESCC)中的表达及意义。方法收集在川北医学院附属医院于2018年7月至2019年4月收治的48例ESCC患者行根治术后的癌组织和癌旁组织,采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)法和蛋白质印迹法(Western blot)检测ESCC组织及癌旁组织中P62、LC3及STAT3的mRNA和蛋白表达,分析其与临床病理特征的关系及其三者之间的相关性。敲低食管癌EC109细胞中的STAT3,Western blot检测LC3、P62、STAT3、非受体型酪氨酸蛋白激酶2(JAK2)和磷酸化信号转导与转录激活因子3(p-STAT3)的表达。组间比较采用χ2检验、t检验和Spearman相关性分析法进行统计分析。结果P62、STAT3在ESCC组织中的阳性表达率高于癌旁组织(62.5%比37.5%,66.7%比33.3%,χ2=13.520、23.120,P<0.05),LC3在ESCC组织中的阳性表达率低于癌旁组织(35.4%比64.6%,χ2=18.000,P<0.05);P62、STAT3在ESCC组织中的表达高于癌旁组织(1.520±1.172比0.980±2.539,1.320±1.163比0.860±2.560,t=7.453、7.337,P<0.05),LC3的表达低于癌旁组织(0.957±1.074比1.587±2.630,t=8.525,P<0.05);STAT3与P62的表达呈正相关(rs=0.438,P<0.05),与LC3的表达呈负相关(rs=-0.400,P<0.05),P62与LC3的表达呈负相关(rs=-0.585,P<0.01)。P62、LC3、STAT3与肿瘤T分期、临床分期以及淋巴结转移密切相关(χP62-T分期2=5.581,χP62-临床分期2=6.817,χP62-淋巴转移2=5.689;χLC3-T分期2=6.947,χLC3-临床分期2=6.919,χLC3-淋巴转移2=9.108;χSTAT3-T分期2=5.270,χSTAT3-临床分期2=7.054,χSTAT3-淋巴转移2=6.000;均P<0.05)。敲低食管癌EC109细胞中的STAT3后,敲低组(ShSTAT3-1和ShSTAT3-2)中JAK2、p-STAT3、STAT3、P62的表达低于空载组(0.300±0.190、0.430±0.190比1.273±0.114,0.520±0.120、0.410±0.070比1.070±0.200,0.430±0.060、0.500±0.080比1.000±0.170,1.185±0.125、0.847±0.067比1.793±0.130),LC3的表达高于空载组(1.527±0.197、1.410±0.170比0.221±0.040),差异有统计学意义(tJAK2/ShSTAT3-1=7.613、tJAK2/ShSTAT3-2=6.597,tp-STAT3/ShSTAT3-1=4.084、tp-STAT3/ShSTAT3-2=5.395,tSTAT3/ShSTAT3-1=11.640、tSTAT3/ShSTAT3-2=8.660,tP62/ShSTAT3-1=5.844、tP62/ShSTAT3-2=11.220,tLC3/ShSTAT3-1=11.260、tLC3/ShSTAT3-2=11.790,均P<0.05)。结论STAT3能通过调控P62和LC3,参与ESCC的进展。

  • 标签: 食管鳞癌 自噬 信号转导与转录激活因子3
  • 简介:摘要目的观察胃复春联合替普瑞酮对慢性萎缩性胃炎(CAG)患者血清核转录因子-κB(NF-κB)、环氧化酶-2(COX-2)、白细胞介素8(IL-8)的影响。方法将2017年6月至2018年6月在余姚市妇幼保健院就诊且符合纳入标准的CAG患者118例,依据随机单盲法将其分为联合治疗组和西药组各59例。两组患者在常规治疗的基础上,联合治疗组给予胃复春和替普瑞酮联合口服治疗,西药组给予口服替普瑞酮治疗;治疗2个疗程后,观察比较两组临床症状改善情况、胃镜下疗效及患者血清NF-κB、COX-2、IL-8水平的变化情况。结果经过2个疗程的治疗后,共脱落4例患者,其中联合治疗组、西药组各2例。联合治疗组患者在充血(85.42%)、水肿(86.00%)、糜烂(80.77%)、胆汁反流(41.18%)方面的改善情况均明显优于西药组[充血(66.67%)、水肿(68.63%)、糜烂(52.17%)、胆汁反流(35.29%)](χ2=5.763、6.421、8.976、0.001,均P<0.05);两组患者胃镜下观察积分[联合治疗组(1.98±0.65)分、西药组(2.03±0.57)分]均比治疗前[联合治疗组(0.92±0.47)分、西药组(1.19±0.46)分]显著改善(t=6.127、5.764,均P<0.05),联合治疗组的积分差高于西药组(t=5.413,P<0.05);联合治疗组症状积分:上腹疼痛(2.89±1.45)分、嗳气(2.62±1.38)分、反酸(2.34±0.87)分、恶心呕吐(3.06±1.67)分,均明显优于西药组[上腹疼痛(3.98±1.58)分、嗳气(3.72±0.93)分、反酸(4.16±1.26)分、恶心呕吐(4.92±1.15)分](t=8.142、6.199、0.786、9.462,均P<0.05)。联合治疗组NF-κB(8.94±2.01)ng/mL、COX-2(11.84±3.27)ng/mL及IL-8(28.32±6.85)pg/mL水平在治疗后明显降低,且差异均有统计学意义(t=9.643、8.096、5.718,均P<0.05)。结论胃复春可明显改善患者胃镜下胃黏膜充血、水肿、糜烂情况,有效抑制胃黏膜萎缩,与替普瑞酮联合应用治疗CAG疗效确切,这可能与其调节血清NF-κB、COX-2及IL-8的水平相关。

  • 标签: 胃炎,萎缩性 核转录因子-κB 环氧合酶-2 白细胞介素8 胃复春 替普瑞酮
  • 简介:摘要1例慢性皮肤黏膜念珠菌病合并1型糖尿病7岁女童患者就诊于儿科,分析其临床特点及治疗过程,并抽提其与父母的基因组DNA,高通量测序并用Sanger测序验证。该患者出现真菌性肺炎、支气管扩张、血清铁减低、甲状旁腺激素水平下降。氟康唑联合抗生素及丙球治疗,规律使用胰岛素、糖尿病饮食,能减缓病情发展。该患者基因检测证实信号转导与转录激活因子1(STAT1)基因存在杂合错义新生突变c.1154C>T,P.Thr385Met,提示STAT1基因突变是导致慢性皮肤黏膜念珠菌病合并1型糖尿病原因之一,少数患者甲状旁腺激素可下降,基因检测有助于早期诊断。

  • 标签: 慢性皮肤黏膜念珠菌病 糖尿病,1型 信号转导与转录激活因子1 基因突变
  • 简介:因子-kB(nuclearfactor-kB,NF-kB)是广泛存在于各种细胞的一种核转录因子,在细胞受到病毒或细菌感染,细胞因子,DNA损伤等因素刺激后可被活化,增强多种基因的转录,如细胞因子,生长因子,粘附分子,受体,急性期蛋白等,尤其为多种细胞因子转录所必需,包括TNF-α(tumornecrosisfactor-α),IL-1,IL-6,IL-8等在炎症反应发生中起重要作用的炎症介质,而大量炎症介质的释放又是多种疾病状态发生发展的基础,且可导致失控的炎症反应,造成宿主自身组织结构和生理功能的广泛损害,进而引起SIRS(systemicinflamatoryresponsesyndrome)、ARDS(daultrespiratorydistresssyndrome)、MODS(multipleorgandysfunc-tionsyndrome),甚至死亡,因此NF-kB是多种信号转导的汇聚点,本文对NF-B对细胞因子的基因调控及其及炎症反应的关系作一综述,以期对炎症反应的控制提供治疗措施。

  • 标签: 核因子-KB 细胞因子 基因调控 炎症反应 核转录因子 分子生物学特性
  • 简介:目的心脏发育研究领域中的转录调控一直是热点研究问题,它影响了发育过程的各个环节。为了进一步利用多物种的基因组,定位进化保守的转录因子调控位点,我们利用CardioSignal数据库的数据分析VISTA数据库多重比对后的基因组序列。方法在本文中,我们采用Perl语言和后台MariaDB数据库,可视化的展示基因组序列中的保守调控元件。结果我们的程序能够分析VISTA格式的多重比对数据,能够动态展示基因组保守元件在整个DNA序列的位置。结论我们的CardioVISTA程序是今后转录调控研究中的利器。

  • 标签: CardioVISTA 生物信息学 Perl语音 Cardiosignal数据库
  • 简介:对人类201条转录假基因的2碱基片段、3碱基片段、4碱基片段、5碱基片段和6碱基片段进行了统计。发现所统计的碱基片段在相对频率小于2范围内的模式占总模式数的89%以上;长度较长的碱基片段(5碱基片段、6碱基片段)同三核苷酸碱基片段之间包含和被包含关系较明显;人类转录假基因序列里出现最多的碱基片段大多是由AG核组成的,稀有模式主要是以CG核组成的3碱基片段。这可能是因为转录假基因序列与其同源编码基因mRNA竞争去稳定蛋白所引起的:在人类转录假基因序列中每平均约26个碱基就有一个终止密码子模式(TAG、TAA和TGA),终止密码子的频繁出现可能是原功能基因编码区的一种容错机制。另外,进行了相对频率的统计分析,发现对于2碱基片段、3碱基片段、4碱基片段、5碱基片段和6碱基片段的研究是具有其统计意义的。

  • 标签: 转录假基因 碱基片段 相对频率
  • 简介:摘要启动子是基因的重要组成部分,在转录中起重要作用。它通过结合决定RNA聚合酶活性的转录因子来控制基因活性。然而,在不能编码DNA的基因之间存在一些区域,曾被认为是“垃圾DNA”。为了更好地了解这些区域,我们设计了一个实验以了解间隔区变化如何影响转录活性。在实验中,我们使用生物信息学,生物化学和遗传学技术来探寻启动子间隔区的构象。我们使用光谱仪收集数据并根据数据计算活性。我们发现间隔序列中“-17”位置的突变体明显地增加转录活性。细菌启动子一直是未来研究的重要课题。转录与生物体内的一些疾病有关。我们掌握启动子活性的理论可以有助于降低疾病的发病率。

  • 标签: 启动子,间隔区,-17位置,突变体
  • 简介:目的利用转录组技术获得非模式生物黑胸大蠊的大量转录组数据,为今后开展分子生物学研究打下基础。方法利用Illumina测序技术对黑胸大蠊Periplanetafuliginosa进行转录组测序。测序结果取阈值e≤10(-10)在SwissProt、NR、KEGG、COG、GO和Pfam等公共序列数据库进行比对。结果获得黑胸大蠊转录组信息数据量13.63G,39576个unigene,总长度32297597bp,最长27693bp,平均长度816bp。共获得61167个注释结果。发现黑胸大蠊单核苷酸的多态性位点(SNP)置换33955个,颠换16561个,找到2666个微卫星序列。结论数量巨大的转录组信息为黑胸大蠊新基因的克隆和基因组学研究提供了有价值的信息。

  • 标签: 黑胸大蠊 高通量测序 转录组
  • 简介:为探讨中医不同治法调节大鼠肝癌相关基因转录水平的差异.以DEN诱发的大鼠肝癌为模型,18W后将其分为模型(B)组、西药(C)组及中药全方(Di)组、清热(D2)组、活血(D3)组、健脾(D4)组,每组10只,分别给予相应药物治疗,疗程6W,另取10只未造模鼠为正常对照(A)组.之后,处死动物,采用异硫氰酸胍-苯酚-氯仿一步法抽提肝组织总RNA,DD-PCR及放射自显影技术分离A组肝组织与B组肝癌组织中差异显示的基因片段,以此片段为探针,分别与各组肝组织总RNA进行Northemblot印迹杂交,比较其间的差异,同时将筛选出的阳性cDNA片段进行克隆与序列分析.结果:从正常肝组织与模型组肝癌组织中分离出32个差异显示的基因片段;Northemblot印迹杂交表明其中9个基因片段在各组之间转录水平上存在明显差异;其中,来源于正常肝组织中的DD22为新基因,来源于肝癌组织中的基因有5个为已知基因,3个为新基因.提示不同治法对DEN诱发大鼠肝癌相关基因转录的调节作用也不同.

  • 标签: 治则治法 清热解清 活血化瘀 健脾理气 清热活血健脾 肝癌mRNA差异显示
  • 简介:水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被广泛用于生物体的多种功能研究。目前在水稻、玉米、油菜、黄瓜、大豆等多个物种中,已有从转录水平分析植物对水淹胁迫的分子响应机制相关研究报道,这对于深度解析植物耐涝的分子响应机制和加快作物耐涝品种选育具有重要意义。但目前尚未有转录组测序技术在植物水淹胁迫应用方面的综述。因此,本研究着重综述了植物水淹胁迫测序组织及时间点选择、各阶段基因表达水平、GO功能富集、小RNA的功能特征几个方面,并展望了新一代测序技术在植物抗逆机理研究中的应用前景。

  • 标签: 植物水淹胁迫 转录组测序 差异表达基因 GO功能富集
  • 简介:摘要转录组测序(RNA-seq)是高通量基因组测序的实现形式之一,RNA-seq数据中有丰富的疾病相关的基因融合、基因表达量、转录本剪接变异、基因序列变异、免疫基因多样性等信息。近年来RNA-seq在血液肿瘤中的应用越来越多,促进了血液肿瘤精准医疗的研究和临床实践。

  • 标签: 血液肿瘤 基因 分子诊断技术 高通量基因测序 转录组测序
  • 简介:通过花生籽仁不同时期转录组测序分析,从分子水平上揭示控制花生油脂合成的重要基因。本研究以高油和低油花生新品系为研究对象,构建了花生籽仁早期和中后期4个转录组测序文库。通过高通量测序共获得了59236条Unigenes,其COG功能涉及了大多数的生命活动,整体功能类的基因最多有4730条;其中与代谢类和油脂转运相关的基因有654条;Unigene参与的花生代谢通路可分为126类,其中涉及生化代谢的Unigene数量最多,达到了7672条,占整体的32.95%;有4大类代谢与油脂相关,分别是脂肪酸的生物合成,涉及的基因有85条;脂肪酸的生化代谢,涉及的基因有145条;不饱和脂肪酸的生物合成途径,涉及116条基因;亚麻酸的代谢途径,涉及有138条基因。对花生籽仁两个不同发育时期的差异表达基因进行分析,共得到了120多种代谢途径(passway);并且籽仁发育中后期基因的表达量大部分下调,说明花生种子发育初期,各类调控脂肪酸合成的基因比较活跃,而随着合成油脂调控的不断继续,相关调节基因表达量下降,同时各类脂肪酸和油脂的合成也渐渐变慢。研究结果为深入揭示花生籽仁发育过程中油脂合成调控的相关基因及其功能提供了丰富的数据资源。

  • 标签: 花生 转录组测序 油脂合成 差异表达基因
  • 简介:茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。

  • 标签: 茶树 雌蕊缺失 转录组 RNA-SEQ 基因注释