简介：转录组连接基因组遗传信息与蛋白质组,也是基因功能研究的基础和出发点。单分子测序技术是近年逐渐成熟的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,在转录组学研究方面较前代测序技术具有独到优势,应用前景广阔。在非模式植物的功能基因组学研究中,全长转录本的获得可有力地推进相应基础研究水平,而第三代测序技术为此提供了较好的解决方案。本研究就目前技术较为成熟且应用较广泛的SMRT等单分子测序技术原理进行了介绍,综述了该技术在非模式植物转录组学研究中的应用现状,对其应用前景进行了展望。

简介：摘要：本论文以基因组学和转录组学为工具，致力于深入探究苯系物降解菌的遗传信息和代谢途径。通过对基因组的测序与组装、基因的注释与功能分析，以及对转录组的研究，全面解析了这些微生物在降解苯系物过程中的遗传机制和基因表达变化。这不仅为苯系物的环境修复提供了新的科学认识，也为未来环境治理策略的制定提供了创新性的思路和方法。         

简介：摘要转录组学是一门从分子机制角度研究某一机体组织的疾病发展过程的学科。在眼科疾病的转录组学研究中，角膜、房水、晶状体、视网膜等都富含了大量遗传信息，是转录组学理想的研究对象。转录组学测序技术通过序列杂交或基因测序等研究方式应用于微生物性角膜炎、先天性白内障、葡萄膜炎、糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、视网膜色素变性等眼科疾病的基础和临床研究中，为眼科疾病的发病机制及诊疗思路提供新的方向。(国际眼科纵览，2022, 46：391－396)

简介：摘要近年来，新型冠状病毒肺炎、流行性感冒、埃博拉出血热等病毒性疾病呈现愈演愈烈、愈发愈快的趋势。为保障人民健康和国民经济的稳定运行，研究病毒的致病机理与宿主免疫调控机制，解析病毒与宿主的基因表达调控规律，监测病原病毒与防治病毒病的重要性逐渐凸显。转录组测序是一类在RNA水平上关注基因在特定时空状态下表达特征的技术，是分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着分子生物学实验技术的进步和生物信息学分析平台的成熟，转录组学研究向着低成本、低技术门槛的方向发展，逐渐从理论研究领域向临床实验室过渡，改变着临床工作人员对病毒与病毒病的传统认知，被越来越多的用于病毒转录机制、病毒与宿主的免疫互作、追踪疾病进展以及抗病毒药物研发等方面研究。本文主要对宏转录组的技术流程、常用软件以及病毒与病毒病方向的应用场景进行综述，并对细胞群转录组、单细胞转录组、单细胞核转录组以及空间转录组的方法与应用进行简要介绍，以期为病毒转录机制研究与病毒病的防控提供方法学参考。

简介：摘要胚胎植入依赖于良好的胚胎质量、子宫内膜容受性，及胚胎-子宫内膜间同步和谐地交流对话。相较于发展较成熟的胚胎培养技术，目前子宫内膜容受性仍缺乏有效的诊断与治疗方法，传统检测方法如胞饮突检测、组织学检测、超声等，其准确性和可重复性饱受质疑。随着组学技术的发展，利用基因表达的整体特征描述、诊疗疾病已成为可能，其在子宫内膜容受性领域也具有较大的研究和临床运用价值。本文就近年来子宫内膜容受性领域转录组学临床研究作一综述，概括子宫内膜容受性相关编码基因、非编码基因研究的基本情况及临床运用情况，为后续研究子宫内膜容受性、指导临床诊疗提供参考。

简介：摘要随着基因芯片技术、RNA测序技术等转录组学技术发展，特应性皮炎（AD）发病中重要的相关影响因素逐渐被揭示，如不同T辅助（Th）细胞的亚型以及其他免疫相关细胞如巨噬细胞、朗格汉斯细胞；在AD的瘙痒及皮肤屏障破坏方面，相关免疫细胞如Th2细胞及角质形成细胞等所释放白细胞介素4、白细胞介素13、聚丝蛋白、兜甲蛋白等活性物质的异常变化起着主要作用。同时，转录组技术已被用于分析患者治疗前后转录谱的变化从而对患者的病情和治疗效果进行评估等。本文总结近年来在AD转录组学方面的研究进展。

简介：摘要转录组学作为生物表型和功能研究的重要手段，已经成为目前的热点之一。转录组学研究伴随着海量数据的产生，数据量的增加使得隐藏在其中的规律和特征不易被发现，将大数据转换为可视化图形无疑是展示数据中隐藏信息的最直观的方法。本文将对转录组学研究中韦恩图、热图、火山图、主成分分析散点图、富集分析图、时间序列分析图等常用图形进行介绍解读，以帮助读者在研究中合理运用。

简介：摘要近年来转录组学快速发展，成为探索生殖细胞和人类早期胚胎发育机制的重要手段，其中单细胞测序技术的出现更具有里程碑意义。在生殖细胞水平，卵母细胞中RNA的稳定对于受精后胚胎的发育具有重要意义；同时多项研究表明精子中存在着复杂的RNA分子调控系统，可能与精子异常密切相关。精卵结合后，受精卵的激活和分化发育涉及多个基因适时的激活和转录表达，为后期着床进行铺垫。最新的技术能够同时对同一细胞进行多层面检测，也深入揭示了甲基化与转录、遗传之间的关系。而随着“无创”概念深入人心，囊胚培养液的检测愈发受到重视，其中多个转录因子被证实与胚胎发育相关，有可能成为优质胚胎新的评价体系。

简介：目的应用转录组技术,对UVA照射后的白念珠菌菌丝及生物膜进行基因表达分析.方法体外构建白念珠菌（ATCC90028）生物膜,采用UVA-LED抗菌设备（复旦大学光电所制,波长365nm,强度13mW/cm2,频率100Hz）,照射白念珠菌生物膜5min、10min、15min,对照组不光照.用转录组技术分析UVA实验组和对照组之间差异表达的基因,进行GO、KEGG遗传差异富集分析.结果UVA光照组相对于对照组有大量差异表达基因,核糖体合成RIO2基因、氨基糖和核苷糖代谢相关基因MCR1、CBR1、内质网蛋白加工途径相关基因SHP1显著上调;RNA降解途径相关基因MPP6和细胞内吞作用相关基因CHMP6显著下调.结论UVA直接或间接调节白念珠菌菌丝及生物膜相关生理代谢途径,参与诱发细胞凋亡过程.

简介：摘要脂肪组织的细胞成分具有高度异质性。不同细胞以及不同细胞亚类之间生物学特性具有明显差异。单细胞转录组测序是近几年发展起来的在单细胞水平对转录组进行分析的新型技术。该技术在单个细胞的精度提供转录组信息，是细胞成分异质性高的组织器官生物功能探索的重要工具。在脂肪组织研究领域，单细胞转录组测序已经应用于描绘细胞图谱、鉴定关键细胞亚类、追踪细胞分化轨迹等方面。

简介：摘要目的探讨冠状动脉慢血流（SCF）患者与健康人群的差异基因及SCF发病涉及的信号通路和蛋白相互关系。方法收集2018年住院的SCF患者和同期健康体检者各43例，记录患者一般资料，采集血液测定糖代谢、脂代谢和肾脏代谢相关指标。血液单核细胞中提取RNA，通过RNA测序获得差异基因表达谱。并进行GO功能注释、KEGG通路富集和蛋白相互作用网络分析及表型分析。ELISA检测SCF患者和对照组炎症细胞因子的水平，实时荧光定量PCR（qPCR）验证差异基因。结果SCF组男性27例（63%），女性16例（37%），年龄（54.3±8.8）岁，对照组男性29例（67%），女性14例（33%），年龄（57.2±8.3）岁。SCF组有吸烟史、空腹血糖异常、血脂异常的比例及体重指数高于对照组（P<0.05）。SCF组和对照组存在117个差异基因，其中上调基因73个，下调基因44个。GO功能注释和KEGG通路分析发现，差异基因主要与抗原处理和呈递、细胞吞噬、免疫球蛋白A的肠道免疫网络、辅助型T细胞1（Th1）、Th2和Th17细胞分化通路相关。与对照组相比，SCF组炎症细胞因子白细胞介素-6、白细胞介素-10、肿瘤坏死因子-α和干扰素-γ的表达水平升高（P<0.05）。2组差异最显著的前12个基因中，11个qPCR分析与转录组结果一致，蛋白相互作用网络分析表明甲酰化多肽受体-2（FPR2）和凝血酶致敏因子3（THBS3）蛋白位于整个蛋白作用网络的核心位置。结论SCF患者与健康人群的基因存在差异。FPR2和THBS3等基因可能通过抗原处理和呈递以及Th17细胞分化等免疫相关通路影响SCF的发生和发展。

简介：摘要糖尿病性视网膜病变（DR）是工作年龄人群中最常见的致盲性眼病，探索DR的发生和发展机制及其防治方法是眼科工作者的重要任务。转录组学在探索疾病发病机制、鉴定特异性标志物、寻找新的治疗靶点后预测疾病进展等方面可发挥重要作用，已被广泛用于研究发育、疾病、肿瘤的生理病理机制及精准诊疗。本文针对转录组学在眼科疾病尤其DR的研究及诊疗中的应用进行概述和展望，以期引起广大眼科工作者对转录组学更多关注，推动其在眼科领域的应用并发挥积极作用。

简介：摘要目的：探讨晚期离焦识别的分子机制。方法：实验研究。将30只7 d龄白来航鸡随机分为负镜组、正镜组和对照组，分别给予雏鸡右眼-10 D/+10 D/0 D透镜诱导，干预时间为6 d。所有动物均在光学干预前后测量屈光度、眼轴和后极部各组织厚度等生物学参数。采用单因素方差分析对数据进行分析。眼球生物学参数测量完毕后分离眼后极部组织，提取RNA，应用RNA-seq技术筛选差异表达基因，并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及PPI网络分析，观察离焦干预对雏鸡后极部各组织转录组的影响。结果：负镜组、正镜组雏鸡的屈光度、眼轴长度以及脉络膜厚度，与对照组相比，差异具有统计学意义（P<0.05）；以P<0.05和|log2FC|>1为筛选标准，负镜组与对照组相比，视网膜有203个差异表达基因，脉络膜有757个差异表达基因，巩膜有1 509个差异表达基因；正镜组与对照组相比，视网膜有191个差异表达基因，脉络膜有378个差异表达基因，巩膜有1 918个差异表达基因。与对照组比，负镜组与正镜组的重叠基因除LOC121112941外均表现出相同的差异表达趋势，GO分析通路存在50%以上重合，KEGG分析视网膜水平的重叠通路是花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢和视黄醇代谢；脉络膜水平的重叠通路是内质网中的蛋白质加工，精氨酸和脯氨酸代谢和视黄醇代谢；巩膜水平的重叠通路则为细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、粘着斑、细胞因子-细胞因子受体相互作用、硫代谢、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。通过PPI蛋白互作网络分析鉴定出离焦识别过程中各组织的关键基因。结论：本研究在转录组水平上筛选出晚期离焦识别过程的绝大多数重叠基因保持着相同的上调或下调表达趋势，不同方向的离焦信号可能诱导部分通路的相似变化。

简介：摘要目的探究慢性神经病理性疼痛小鼠是否出现空间记忆障碍并研究其海马转录组学变化。方法24只雄性C57BL/6小鼠按随机数字表法分为两组：假手术组（Sham组）、坐骨神经慢性缩窄性损伤（chronic constrictive injury of sciatic nerve, CCI）组（CCI组），每组12只。分别于术前、术后7 d、术后28 d采用Von Frey纤维丝实验检测小鼠机械刺激缩足阈值（paw withdrawal mechanical threshold, PWMT）；在术后7、28 d通过旷场实验检测小鼠运动能力和焦虑状况，通过空间位置识别实验检测小鼠空间记忆；于术后28 d取新鲜海马组织进行转录组学测序检测两组小鼠基因表达差异并分析测序结果，采用实时荧光定量聚合酶链反应（real time fluorescent quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR）验证纤调蛋白（fibromodulin, FMOD）、骨形态发生蛋白7（bone morphogenetic protein 7, Bmp7）、前列腺素D2合成酶（prostaglandin D2 synthase, PTGDS）、醛脱氢酶1家族成员A2（aldehyde dehydrogenase 1 family member A2, Aldh1a2）四组基因表达情况。结果与Sham组比较，CCI组小鼠造模侧后足PWMT在术后7 d（t=6.01，P<0.001）、术后28 d（t=4.49，P<0.001）明显降低。术后7、28 d两组小鼠运动能力和焦虑状况差异无统计学意义（运动距离：术后7 d t=0.25，P=0.962，术后28 d t=0.32，P=0.939。旷场中心区域活动时间：术后7 d t=1.16，P=0.439，术后28 d t=0.34，P=0.931）。术后7 d两组小鼠空间记忆差异无统计学意义（t=2.00，P=0.101），而在术后28 d CCI组小鼠空间记忆较Sham组明显降低（t=2.93，P=0.011）。转录组学测序发现两组小鼠海马存在大量差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs）。RT-qPCR检测发现：与Sham组小鼠海马组织比较，CCI组小鼠海马组织中FMOD（t=8.07，P<0.001）、Bmp7（t=4.81，P=0.003）、PTGDS（t=4.07，P=0.007）、Aldh1a2（t=7.93，P<0.001）基因表达均降低。结论慢性神经病理性疼痛小鼠可出现空间记忆障碍，且小鼠海马组织转录组学发生显著变化。

简介：摘要目的通过RNA测序(RNA sequencing，RNA-Seq)对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus，CTEV)患儿血浆中游离的总RNA行全转录组测序，比较CTEV患儿与正常儿童血浆的mRNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)、环状RNA(circular RNA，circRNA)以及微小RNA(microRNA，miRNA)的差异表达，揭示CTEV的可能致病机制。方法选取3例CTEV患儿(试验组)及3例正常儿童(对照组)血浆样品，应用RNA-Seq技术分析3对血浆样品的转录组，筛选出CTEV患儿与正常儿童的差异表达基因与转录本。应用基因本体论方法对差异表达基因进行功能显著性富集分析，基于基因与基因组京都百科全书对差异基因进行显著性信号通路富集分析。结果成功构建样品的基因表达谱：试验组和对照组共有181个差异表达基因，其中58个上调基因，123个下调基因。差异表达lncRNA 23个，上调12个，下调11个。差异表达miRNA 23个，上调11个，下调12个。未筛选出差异表达circRNA。其中分泌磷酸蛋白1(secreted phosphoprotein 1，SPP1)和核糖体蛋白S27(ribosomal protein S27，RPS27)在试验组和对照组中基因表达量差异明显，差异倍数分别是82.24和0.01。结论RNA测序可对CTEV患儿和正常儿童的血浆中差异表达基因进行筛选。SPP1和RPS27可能与CTEV的发病相关。

简介：摘要目的分析影响脑死亡供者供肝移植术后受者早期移植物功能不良(early allograft dysfunction, EAD)的分子标志物及临床因素，建立将分子标志物和临床因素相结合的预测移植术后EAD的预警体系。方法回顾性分析2017年7月至2018年8月在郑州大学第一附属医院肝脏移植中心接受同种异体原位肝移植的87例成年受者的临床资料以及对应的供者临床信息。通过单因素分析，找出EAD的潜在危险因素，并进行Logistic回归分析以找出独立危险因素；并从中选取肝移植术后8例发生EAD和8例未发生EAD的组织标本，进行转录组测序，寻找与EAD相关信号通路。结果通过临床数据分析发现供者总胆红素、淋巴细胞以及受者术前总胆红素是脑死亡供者供肝移植术后受者EAD的独立危险因素。通过转录组测序发现EAD不良组与非EAD组之间有3 857个显著差异的mRNA，其中1 751个在发生EAD的供肝组织中表达上调，2 106个下调。通过基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析发现炎症与代谢相关的信号通路与移植术后EAD有关。结论早期移植物功能不良相关的炎症与代谢信号通路结合供者总胆红素、淋巴细胞以及受者术前总胆红素对预测肝移植受者早期移植物功能不良的发生具有潜在的诊断意义。

简介：摘要目的利用转录组测序(RNA-seq)和生物信息学技术对低氧与常氧条件下人视网膜色素上皮细胞系ARPE-19细胞的差异表达基因(DEGs)及信号通路的变化进行分析，探讨低氧诱导ARPE-19细胞损伤的生物学机制。方法将ARPE-19细胞分为低氧处理组和常氧对照组，分别采用体积分数1%和21% O2处理细胞8、24、48、72 h，采用实时荧光定量PCR法检测不同时间点血管内皮生长因子(VEGF)和低氧诱导因子(HIF-1α)mRNA相对表达量。分别对2个组处理后8 h和24 h的ARPE-19细胞进行RNA-seq及生物信息学分析，以|log2FC|≥1且P≤0.05为条件筛选出DEGs，并对DEGs进行聚类热图分析、基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析。采用实时荧光定量PCR法检测低氧处理ARPE-19细胞24 h后DEGs中可能与低氧有关的基因mRNA相对表达量。采用细胞活力检测试剂盒验证2个组不同时间点低氧对ARPE-19细胞的损伤作用。结果低氧处理组8、24、48、72 h VEGF和低氧处理组8、24、48 h HIF-1α mRNA相对表达量均高于常氧对照组，差异均有统计学意义(均P<0.05)，其中低氧处理后8 h和24 h各因子mRNA表达差异较大。低氧诱导8 h，低氧处理组与常氧对照组间筛选显著DEGs共62个，其中显著上调基因45个，显著下调基因17个；低氧诱导24 h，2个组间筛选显著DEGs共255个，其中显著上调基因228个，显著下调基因27个。DEGs的GO功能分析主要富集在蛋白质降解、核苷酸生物合成及物质转运等进程。KEGG通路分析主要富集在PI3K-Akt、cGMP-PKG以及其他与代谢、细胞周期、细胞生长和细胞凋亡密切相关的信号通路。PPI网络分析发现核心基因HPCA、MT3和NOS3等。实时荧光定量PCR检测结果示，低氧处理ARPE-19细胞24 h后，低氧相关基因DEPP1、NPPB、PDZK1、HILPDA、TCEA3、NDRG1和RORC的mRNA表达水平升高，TFRC、NQO1的mRNA表达水平降低，差异均有统计学意义(均P<0.05)。低氧诱导ARPE-19细胞后8 h和24 h，细胞形态均正常，生长状态较好，未出现死亡细胞，低氧诱导48 h后ARPE-19细胞出现死亡，低氧诱导72 h后死亡细胞数量增加。结论与代谢相关的PI3K-Akt、cGMP-PKG信号通路可能参与低氧诱导的ARPE-19细胞损伤作用，HPCA、MT3、NOS3核心基因可作为功能性靶基因，在低氧反应中起到关键作用。

简介：摘要视网膜由多类细胞组成，每类细胞都有着独特的生物学功能。即使是同类细胞，也会因遗传异质性导致细胞功能出现差异。以往传统的研究手段无法分辨这些差异，有些细胞由于缺乏特异性分子标记或数量稀缺也难以定义，阻碍了人们对这些细胞的认识及研究。随着生物技术的发展，单细胞转录组测序技术可以获得单个细胞转录组表达谱、识别细胞间异质性、鉴别细胞亚类及稀有细胞群，揭示每个细胞的转录组表达谱特征和功能差异，剖析细胞的起源、功能及变异特征。可获得与疾病相关的特征性细胞亚类及特异性差异表达基因，加深我们对疾病起因、发展的理解，也为临床诊断及靶向治疗提供帮助。

简介：摘要近年来转录组测序（RNA-seq）技术的成熟和推广应用，为直接测序和鉴定各种可能发生的融合转录本提供了强大工具。随着大宗病例RNA-seq研究报道的增多，血液肿瘤中融合基因的真实图谱日渐清晰。文章结合第62届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行介绍。

简介：摘要番茄是最重要的蔬菜作物之一。该文围绕转录组学的研究方法、转录组学在番茄果实发育、繁殖机制以及抗病虫害等方面的研究进行了综述，旨在揭示植物生长与发育的基本生物学问题以及促进其在生产中的应用。