简介:摘要目的分析人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,HRSV)感染HEp-2细胞后差异性表达的基因,为发现HRSV防治的潜在靶点提供线索。方法在公共基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中收集HRSV感染的HEp-2细胞表达谱数据。运用R语言分析在HRSV感染4、8、12和15 h均表现出差异表达的基因,对其进行GO分析、KEGG通路分析、蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络构建等。以HRSV感染HEp-2细胞4 h后,随机选择PPI中参与蛋白互作相对较高的基因在转录水平进行qRT-PCR验证。结果筛选出101个差异表达基因,其中表达上调的有92个,表达下调的有9个。功能富集分析发现HRSV感染引起HEp-2细胞中免疫应答及其信号转导等多条信号通路产生明显变化。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论HRSV感染HEp-2细胞引起的基因差异表达及信号通路变化,对HRSV致病分子机制及防治策略研究具有一定意义。
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简介:为研究雄性不育相关基因TA1和TA2在BNS和YS小麦温敏雄性不育系732A花粉发育时期的表达特点,探讨这2个育性相关基因与温敏雄性不育小麦育性转换的联系,本研究利用荧光实时定量PCR方法,在BNS和YS型不育系732A花药发育四分体期、单核期、二核期和三核期定量检测基因TA1和TA2的mRNA表达水平。结果表明:(1)在732A和BNS花粉发育四分体时期至二核期,基因TA1相对表达量上调,在三核期相对表达量下降;(2)基因TA2相对表达量在BNS花粉发育的四分体时期至二核期逐渐下降,三核期上升;在732A花粉发育4个时期中的相对表达量变化刚好相反;(3)在BNS和732A花粉发育二核期,基因TA1和TA2均表现极值,推测二核期可能为BNS和YS型小麦温敏雄性不育系花粉发育最敏感时期;(4)在不育系BNS和732A花粉发育过程中,基因TA1的相对表达量变化幅度比TA2的高。推测TA1对不育系BNS和732A花粉败育影响程度强于TA2;(5)基因TA1和TA2相对表达量在BNS的花粉发育时期表达趋势相反,推测其对BNS花粉败育影响表现为拮抗作用,且2个基因不连锁;在732A花粉发育时期表达趋势相同,推测其对不育系732A花粉败育影响表现为协同作用。
简介:文献报道了从冬虫夏草(Cs)中同时检出蝙蝠蛾拟青霉(Ph)、中华被毛孢(Hs)和冬虫夏草菌(Os)的多个基因型;Cs的成熟伴有化学成分的改变和僵虫体中Hs竞争性菌落形成能力的下降。同时检验了Cs成熟过程中Os突变基因型生物量的变化。应用Southern杂交检验发现:Cs的成熟伴有Ph和2组Os基因型生物量的显著增加。Os突变基因型ITS片段的EcoRⅠ酶切位点缺失。Southern检验发现:在未成熟Cs中,AT偏倚型菌在子座中的rDNA生物量占绝对优势,在僵虫体中几乎没有;而GC偏倚型菌则相反。随着Cs的成熟,AT型菌在僵虫体中大量增加;GC型菌在子座中逐渐增加,但正向和逆向排列的GC型菌的总量远低于AT型。研究结果表明:Cs的成熟伴有Ph和Os菌的显著增加和几个Os突变基因型菌在Cs子座和僵虫体中差异表达的动态变化。这些变化可能对Cs子座的萌发和成熟至关重要,为Cs无性世代的研究提供了重要线索。
简介:在叶片中合成由FLOWERINGLOCUST(FT)编码的成花素蛋白通过韧皮部运输到顶端分生组织(SAM),与bZIP转录因子FD相互作用形成复合物,激活花分生组织身份基因的表达,从而调节植物开花和其他的一些生物学过程。本研究以棉花全基因组数据库为基础,发掘并得到18个棉花FD基因的序列并确定它们在各基因组染色体上的位置。生物信息学分析显示,棉花FD蛋白质分子量在15.69~28.24kD之间,理论等电点在9.24~10.38之间,是一种非分泌性蛋白;亚细胞定位预测显示,棉花FD蛋白分布于细胞核上,是典型的核蛋白;氨基酸序列分析表明,棉花FD是一种亲水性蛋白,还存在着糖基化位点和磷酸化位点以及4个保守基序;进化分析表明,棉花FD1和FD2与葡萄VvFD基因亲缘关系最近。组织表达分析表明,陆地棉10个GhFD基因在不同组织中具有表达特征多样性,GhFD5-D在纤维中的表达量最高,其余GhFD基因均在SAM中的表达量最高,不同的表达特征表明它们可能具有不同的功能。这些结果为进一步解析棉花FD基因的功能和作用机理积累了有价值的资料。
简介:利用已克隆植物的R基因NBS序列中保守基序设计简并引物进行PCR扩增是克隆NBS有效的方法。从广东普通野生稻HLW028中克隆出3条序列,经同源性分析均为NBS,序列号为DQ272573~DQ272575。从NCBI中下载普通野生水稻和功能已知的水稻NBS—LRR类基因,与本试验所提交的NBS进行聚类分析。这些NBS可分为5大类,其中DQ272574是一个新的NBS基因类型。从野生水稻中克隆NBS基因存在P—loop、RNBS。A、kin-2、RNBS.B、RNBS—C和PLAL的基序。RT—PCR结果表明,培矮64中的Pikh的表达量比2种野生稻中高。从培矮64中扩增出1个完整读码框的cDNA。
简介:目的探讨直肠癌发生淋巴结转移过程中相关基因群的表达和初步功能.方法按一步法抽提人直肠癌原发灶和转移淋巴结组织的RNA,将2000条人类基因PCR产物按微矩阵排列于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的直肠癌原发灶和转移淋巴结组织总RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA-链做探针,混合后与上述基因芯片杂交,经严格洗片后扫描芯片荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因.结果在2000条基因中,直肠癌原发灶与转移淋巴结组织间存在差异表达的基因共43条(2.1%),其中上调11条(0.5%),下调32条(1.6%).表达异常的基因与细胞周期调节、细胞骨架与运动、细胞凋亡、细胞内信号传递、DNA的合成与修复、DNA的结合与转录、蛋白质的翻译合成及免疫功能相关.结论微矩阵基因芯片在筛选直肠癌转移时,相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点,直肠癌转移相关基因差异表达谱的分析为预防和控制直肠癌的转移提供了新的思路与线索.
简介:目的比较三种含HBVS基因与HCVC基因嵌合真核表达质粒的免疫效果;为HBV和HCV嵌合基因疫苗研究奠定基础。方法将同时含HBVpreS1+preS2+S、preS2+S或S基因与HCVC区基因的真核表达质粒S1S2SCpcDNA3.1、S2SCpcDNA3、1、SCpcDNA3.1分别免疫小鼠,ELISA法检测血清抗HBs和抗HCV。结果两次免疫后,全部小鼠均产生了抗HBs和抗HCV,且抗HCV的产生水平高于抗HBs;S1S2SCpcDNA3.1和S2SCpcDNA3.1质粒免疫小鼠,产生抗HBs的水平低于SCpcDNA3.1,S2SCpcDNA3.1和SCpcDNA3.1质粒免疫的小鼠,产生的抗HCV水平高于S1S2SCpcDNA3.1。结论preS基因对抗HBs的产生、preS1基因对抗HCV的产生有负调控作用,说明不同长度的HBV表面抗原基因可以影响抗HBs和抗HCV的产生。
简介:目的:分析KDR基因SNP/rs1870377的A/A基因型的杰出有氧耐力表型与训练诱导的循环miRNA表达特征的关联。方法:试验对象为33名现役国家级耐力项目男性运动员和58名体育教育专业男性大学生(二级运动员),均为汉族。递增负荷法检测最大摄氧量、个体乳酸阈;miRNAarray及qRT-PCR检测训练诱导的c-miRNA表达谱,Taqman法解析KDR基因SNP/rs1870377基因型,分析优势基因型及其杰出耐力表型与训练诱导的c-miRNA表达特征的关联。结果:A/A基因型的杰出耐力表型差异表达17条c-miRNA,9条上调,8条下调;miRNA同步调控AMPK、p53、PPAR、MAPK、mTOR等信号通路多个基因表达。结论:差异表达的miRNA的调控作用同步上调AMPK-PGC-1α通路和p53通路功能,促进线粒体合成和有氧代谢能力,在A/A基因型上调VEGF通路活性增强心肌/骨骼肌供血条件下进一步提高有氧代谢供能效率,对杰出耐力表型的形成具有促进作用;miRNA的调控作用与rs1870377的A/A基因型的杰出有氧耐力表型存在关联,二者可作为预测有氧耐力发展潜力的表观遗传学分子标记,联合应用于运动选材。
简介:背景与目的:新近对神经干细胞为胶质瘤起源细胞的研究非常热门,推测其发生的分子机制有可能是发育与分化相关基因表达异常所致,但确切的分子变化不清。本研究分析胶质瘤恶性进展相关基因谱中发育与分化相关基因表达变化,旨在为寻找胶质瘤发生发展的分子病因提供线索。方法:采用cDNA芯片检测同一患者初发和两次复发的胶质瘤组织与正常脑组织中基因表达的差异,建立胶质瘤恶性进展相关基因表达谱。根据GenBank、GeneCards和Medline上检索的资料分析其中发育与分化基因的变化。结果:三份肿瘤组织和正常脑组织两两相比,确定了差异表达基因280条,其中包括发育与分化基因73条,并对胶质高亲和谷氨酸转运体1(glialhighaffinityglutamatetransporter1,GLT1)、白细胞介素-1的In受体(IL-1RI)、表皮生长因子受体-8(epidermalgrowthfactorreceptor-8,EGFR-8)、细胞分裂周期2(Celldivisioncycle2,CDC2)、N-myc下游调节基因3(N-mycdownstream-regulatedgene3.Ndr3)丝裂原活化蛋白激酶激酶4(mitogen-activatedproteinkinasekinase4.MAPKK4),共6条基因作了生物信息学分析。结论:从胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中发现表达量显著变化的6条发育与分化基因.为阐明胶质瘤发生的分子病因提供了进一步研究的依据。
简介:目的:通过对先天性巨结肠(HD)病变段层粘连蛋白(LN)转录表达的研究,探讨肠壁微环境改变对HD的形成作用以及与RET基因学说的相关性.方法:利用RT-PCR技术对HD病儿层粘连蛋白Mrna在无神经节细胞段、有神经节细胞段、正常段的表达进行检测,美国alpha9900凝胶图像分析系统判定表达强度,SPSS软件统计分析,推断LN的作用,同时检测RET基因的表达,用直线相关关系研究两者的相关性.结果:LN基因在无神经节细胞段异常高表达(P<0.05),无神经节细胞段<有神经节细胞段<正常段;而RET基因的表达正好相反,无神节细胞段<有神经节细胞段<正常段,在无神经节细胞段明显减少,两者存在负相关关系.结论:HD无神经节细胞段LN的增高是内在的,LN增高引起肠神经细胞过早分化、定居导致无神经节细胞症的发生,可能与RET基因有一定内在联系.
简介:目的观察胰腺癌组织溶血磷脂酸(LPA)内皮分化基因受体(Edg/LPA)的表达,探讨其临床意义。方法收集50例胰腺癌及对应癌旁正常胰腺组织标本,采用实时定量PCR、免疫组化和蛋白质印迹法检测3种Edg/LPA受体亚型Edg-2/LPA1、Edg-4/LPA2和Edg-7/LPA3受体mRNA及蛋白的表达,分析其与胰腺癌临床病理参数的关系。结果胰腺癌组织Edg-2/LPA1、Edg-4/LPA2、EdgG/LPA3受体mRNA表达量分别为(0.142±0.042)%、(0.471±0.064)%、(0.231±0.043)%,对应癌旁正常胰腺组织分别为(0.132±0.029)%、(0.027±0.015)%、(0.163±0.046)%,其中胰腺癌组织的Edg-4/LPA2受体mRNA表达较对应癌旁组织显著增加(P〈0.05)。同样,胰腺癌组织Edg-4/LPA2蛋白表达也显著高于癌旁正常胰腺组织。胰腺癌组织的3种Edg/LPA受体mRNA表达水平与血清CA19-9浓度呈平行关系,差异无统计学意义。胰腺癌组织Edg-4/LPA2受体mRNA表达与肿瘤大小、导管腺癌的分化程度及侵袭转移有关,而Edg-2/LPA1、Edg-7/LPA3受体mRNA表达仅与肿瘤的侵袭转移有关。结论胰腺癌组织高表达Edg-4/LPA2受体,其高表达反映出肿瘤的恶性生物学行为。
简介:目的分析胃肠间质瘤(GISTs)中DOGl、CDll7与类胰岛素生长因子1受体(IGFlR)的表达以及c—KIT和PDGFRA基因突变情况,并探讨它们与GISTs临床病理特征的关系及意义。方法免疫组化检测98例GISTs中DOGl、CDll7和IGFlR的表达情况及40例非GISTs间叶源性肿瘤中DOGl和CDll7的表达情况。基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法检测77例GISTs中c—KIT和PDGFRA基因突变情况。结果GISTs中DOGl、CDll7及IGFlR的阳性表达率分别为92.9%、95.9%和6.1%,非GISTs间叶源性肿瘤中DOGl和CDll7阳性表达率分别为10.0%和17.5%,两者中DOGl和CDll7阳性表达率的差异有统计学意义(P〈0.001)。GISTs中DOGl的表达与肿瘤大小及危险度有关,CDll7表达与肿瘤部位及组织学类型有关,IGFlR表达与临床病理特征无关。77例GISTs中c—KIT、PDGFRA基因的突变率分别为64.9%和22.1%,两个基因分别以外显子11(54.0%)和外显子12(16.9%)突变最多见。c-KIT、PDGFRA基因突变仅与肿瘤部位有关(P=0.001,P=0.002)。CDll7、DOGl的表达与c—KIT和PDGFRA基因是否突变无关,而野生型及突变型(存在c—KIT或PDGFRA基因突变)GISTs中IGFlR表达差异有统计学意义。结论联合检测DOGl、CDll7可以提高诊断GISTs的准确性,尤其是CDll7表达,两者均与临床病理特征有关。IGFlR可能是野生型GISTs特异性的免疫组化指标和潜在治疗靶点。将肿瘤原发部位与基因突变检测结果相结合,对预测GISTs患者应用酪氨酸激酶抑制剂的疗效以及预后更具指导价值。
简介:以油茶湘林4号为材料,通过RT-PCR和RACE的方法克隆出油茶磷酸转运子Pht1基因家族一个成员的全长cD-NA序列,命名为CoPht1;1(GenBank登录号:JX403969),通过实时定量PCR的方法检测了不同磷浓度下该基因在根系中的表达水平。结果表明:CoPht1;1CDS长度为1626bp,编码542个氨基酸,与其他物种的Pht1氨基酸序列具有较高的相似性,其中与夹竹桃科长春花的Pht1相似性最高,达到88%;蛋白质二级结构和拓扑结构预测表明,CoPht1;1具有跨膜蛋白的主要特征,与其他物种的Pht1具有一致性;实时定量RT-PCR结果表明,油茶Pht1基因的表达受低磷诱导,并在受磷胁迫处理(P浓度为0.1mmol/L)15d时表达量最高。