简介：摘要本文报告1例表现为左上肢肿胀、淤青、凝血因子Ⅸ活性低下的新生儿。有血友病B家族史。患儿全外显子组高通量测序提示F9基因1-6号外显子缺失，患儿母亲F9基因一代测序未见变异，诊断新生儿重型血友病B。对高度怀疑基因异常的患儿应选择适宜的检测技术和策略。

简介：摘要目的对1例影像学检查提示长骨短小的胎儿进行全外显子组测序，为其产前诊断提供依据。方法收集胎儿的临床及影像学检查结果，采集羊水样本提取DNA，通过全外显子组测序结果筛选疑似致病变异，用Sanger测序进行家系验证。结果超声提示胎儿四肢短小，但未见其他明显异常。全外显子组测序提示胎儿携带SLC26A2基因两处未见报道的杂合性致病变异c.484G>T和c.1436dupA，分别源自其母亲和父亲。结论产前超声检查结合全外显子组测序诊断胎儿为骨发育不全2型。SLC26A2基因复合杂合变异为其致病原因，该结果为胎儿的产前诊断及其父母的再生育提供了依据。

简介：

简介：摘要目的鉴定Ⅰ型Stickler综合征一家系的致病突变。方法采用家系调查研究方法，收集2012年6月在汕头国际眼科中心就诊的来自中国潮汕地区的Ⅰ型Stickler综合征一家系。对参与调查的家系成员进行病史采集及临床检查，包括视力、眼压、裂隙灯显微镜和眼底检查等，并由经验丰富的临床医生进行诊断。采集该家系5例患者和4名表型正常者的外周静脉血各5 ml并提取基因组DNA；采用全外显子测序技术及相关生物信息学筛查方法对先证者父亲Ⅲ-5进行全外显子测序及致病突变筛选；采用Sanger测序对突变进行验证；采用SIFT、Polyphen2、MutationTaster分析变异位点致病性；采用氨基酸多序列比对及UniProt结构域预测分析变异位点氨基酸保守性及蛋白质三维结构。结果该家系为常染色体显性遗传方式。共4代39人，其中患者15例，表型正常者24人。先证者Ⅳ-4右眼高度近视、视网膜脱离、斜视，左眼盲；患者Ⅲ-5右眼高度近视、白内障，左眼眼球萎缩；患者Ⅳ-9双眼高度近视。患者Ⅲ-5全外显子测序结果显示，COL2A1基因26号外显子c.1693C>T：p.565Arg>Cys位点变异。Sanger测序分析结果显示，COL2A1突变仅存在于被检患者中，未出现在表型正常者中，符合家系共分离。该变异位点经SIFT、Polyphen2、MutationTaster预测分析为有害性突变，COL2A1蛋白氨基酸序列第565位精氨酸在人、小鼠、大鼠、牛、非洲爪蟾中高度保守，此氨基酸位于该基因的三螺旋功能结构域，此突变使蛋白质在三螺旋重复区域Gly-X-Y发生了变化，X位置的精氨酸残基变为半胱氨酸残基，影响纤维蛋白功能，从而产生致病性。结论COL2A1基因c.1693C>T变异为该家系的致病基因变异位点，该变异位点首次在国内报道。

简介：摘要目的通过全外显子组测序(WES)技术筛查原发性胆汁性胆管炎(PBC)家系共有的低频变异位点，以期发现与PBC相关的新易感基因。方法收集2000年1月至2017年12月于天津医科大学总医院诊断的3个PBC家系的7例PBC患者和2名健康对照者的临床资料，提取血液DNA样本并进行WES，应用SAMtools 1.3软件检测基因单核苷酸多态性(SNP)和得失位变异位点，并于已知数据库1000 Genome、ExAC、ESP6500和诺禾-中华基因数据库筛选低频变异位点。应用Pymol V2.3.2软件模拟主要组织相容性复合体-Ⅱ(MHC-Ⅱ)分子三维结构，观察家系间共有变异位点对应的氨基酸位置。结果7例PBC患者首诊年龄为(61.2±10.2)岁。血清检测结果示7例患者的ALP为(306.9±242.5) U/L，GGT为(121.7±85.9) U/L，ALT为(47.6±33.1) U/L，AST为(55.7±34.1) U/L，免疫球蛋白G为(14.9±3.1) g/L；抗核抗体核型均存在胞质颗粒型特征；抗线粒体抗体均为阳性。5例PBC患者出现腹腔内淋巴结肿大；2例患者合并肝外自身免疫病；2例患者肝脏活组织检查结果均提示界面性肝炎和小胆管病变。3个PBC家系间共有18个SNP位点，分别位于OTOA、OBSCN和人类白细胞抗原-DRB1(HLA-DRBI)基因。OTOA基因的rs200988634是3个家系共有的多态性位点；OBSCN基因的rs746424683、rs545316651、rs553144914、rs533059830和rs56087721分别导致9种氨基酸的改变；基因HLA-DRB1共有12个不同的SNP位点，分别导致12种氨基酸的改变，其中rs16822698、rs112796209和rs11554463核苷酸突变分别导致MHC-Ⅱ分子β链的G154A、Y152C和Y107X氨基酸改变，Y107X氨基酸位于MHC-Ⅱ分子与抗原肽结合凹槽区域。结论对PBC家系进行WES是阐明恶性变异候选基因OBSCN和OTOA较好的策略。HLA-DRB1为PBC的易感基因，可能通过改变氨基酸序列影响MHC-Ⅱ分子介导的抗原提呈过程。

简介：摘要目的探讨1例2q37缺失综合征患儿的临床及遗传学特征。方法采集患儿及其父母的外周血样，提取基因组DNA，进行全外显子组及全基因组低深度测序，并采用染色体核型分析及荧光定量PCR对基因组拷贝数异常区域进行验证。结果测序结果显示患儿在染色体2q37区存在6 Mb的杂合性缺失，涉及GBX2、LINC01881等98个基因。对其父母的检测提示，该缺失为新发变异。患儿染色体核型分析未发现异常。荧光定量PCR分析结果与测序结果一致。结论通过临床及基因测序分析，患儿被诊断为2q37缺失综合征。全外显子组测序结合全基因组低深度测序技术具有高分辨、高通量、高灵敏度等优点，能够显著提高智力障碍、多发畸形及临床疑似综合征患者的诊断率。

简介：摘要目的评估全外显子测序技术（WES）对儿童语言发育迟缓/障碍的早期诊断价值。方法回顾性研究。选取 2019年1月至2020年12月于首都儿科研究所附属儿童医院保健科就诊的语言发育迟缓/障碍患儿为研究对象。知情同意基础上采集患儿和父母外周血进行WES，结合患儿的临床表型筛选候选变异，包括单核苷酸突变（SNVs）和基因拷贝数变异（CNVs）。候选变异利用Sanger测序/real-time PCR/CNV-Seq完成验证和家系分离分析，最终根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）指南完成致病性评估和遗传诊断。对其中完成《儿童神经心理行为检查量表2016版》检查的125例患儿，以WES检测结果阳/阴性分组，采用t检验比较两组患儿总发育商、大运动、精细动作、适应能力、语言和社会行为能区的发育水平。结果165例语言发育迟缓/障碍患儿完成WES检测，男女比例为1.95∶1，男童109例，女童56例，年龄（3.2±1.2）岁、中位数3.0岁，共检测出与疾病相关的致病性突变者45例，阳性诊断率为27.3%（45/165）。其中36例检测到的变异为SNVs，9例为CNVs。家系成员的变异来源检测显示新发突变在致病性基因变异中占比为86%（31/36）。女童的阳性诊断率45%（25/56），显著高于男童（18.3%、20/109，χ²=12.171，P<0.05）；各年龄段的阳性诊断率无显著差异（χ²=4.349，P>0.05）；WES检测阳性组患儿大运动发育商均值低于阴性组（61.5±15.39 vs. 69.4±14.36），差异有统计学意义（t=-2.610，P<0.05）；两组患儿在精细动作、适应能力、语言、社会行为能区发育商的差异无统计学意义（t=-0.933、-1.298、-0.114、-0.214，P均>0.05）。结论语言发育迟缓/障碍具有复杂的遗传异质性，WES在全外显子层面对语言发育迟缓/障碍儿童的早期病因诊断具有重要价值。

简介：摘要目的Kallmann综合征(Kallmann syndrome, KS)是一种以先天性低促性腺激素性性腺功能减退和嗅觉缺失为特征的遗传病。目前已经报道20余个基因与KS相关。本研究对3例KS患者进行全外显子测序，以进一步明确其遗传病因。方法收集3例KS患者及家属外周血提取基因组DNA，采用全外显子组测序进行基因学检测序筛选出的致病基因，并进行Sanger测序和家系验证，并通过生物信息学软件对突变位点进行功能分析。结果先证者1为25岁男性，表现为低促性腺激素性性腺功能减退、头发早灰及感音性耳聋，基因检测在SOX10基因中检出杂合错义突变c.475C>T(p.R159W)，具有KS表型的先证者1母亲、姐妹和表姐均检测到该错义突变，符合常染色体显性遗传。先证者2为15岁男性，表现为低促性腺激素性性腺功能减退及左肾缺如，基因检测发现该患者有ANOS1基因c.844delC(p.R282Vfs*28)杂合突变。其母为c.844delC杂合突变携带者，临床表型正常，符合X连锁隐性遗传。先证者3为21岁女性，表现为低促性腺激素性腺功能减退及嗅觉缺失，基因检测在FGF17基因中检出杂合错义突变c.149G>A(p.R50Q)，该突变经SIFT和PolyPhen2生物信息学预测为致病性错义突变，在HGDM数据库未见报道，认为是新发突变。结论KS是一种临床和遗传异质性很强的疾病，本研究在3例KS患者中通过外显子测序分别发现了ANOS1 c．844delC，SOX10 c．475C>T及FGF17 c．149G>A突变，进一步拓展了KS的突变谱及表型谱。

简介：骨骼系统发育异常(skeletalabnormalities,SKA)是指骨骼的形态、发育以及完整性表现异常的一组疾病。疾病之间具有不同的遗传方式、临床表现、处理方法、治疗与预后,具有较大的遗传异质性,其在新生儿中的总发病率为1/5000,且不同骨骼系统异常种类之间的发病率各不相同。

简介：摘要目的对Axenfeld-Rieger综合征(ARS)一家系进行临床检查和基因检测，寻找致病突变。方法采用家系调查研究方法，纳入2018年于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的中国汉族ARS一家系，该家系3代共15人，其中患者3例。详细记录家族史，进行眼科及全身一般检查。采集受检者外周静脉血2~5 ml并提取淋巴细胞基因组DNA和RNA。对先证者DNA进行外显子测序，利用人群数据库及生物信息学分析筛选可疑突变，Sanger测序和实时荧光定量PCR进行验证，对可疑突变进行保守性和有害性预测，参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南对候选罕见变异进行致病性评估。结果3例患者均存在ARS典型的眼部、牙齿和肚脐发育异常，且均携带PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs*)杂合突变，家系中其他人员无相应临床表型且未检测到该变异位点，符合家系共分离。3例患者PITX2 mRNA相对表达量为0.672±0.063，明显低于健康对照的1.015±0.179，差异有统计学意义(t＝8.847，P<0.001)。dbSNP、1000G、gnomeAD、ExAC、Korea1K、EVS数据库中均未收录该变异，MutationTaster评为有害，受影响的氨基酸序列在9种动物中保守存在。ACMG遗传变异分类标准和指南评价该变异位点为致病变异。结论PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs*)变异为该家系患者的致病变异，首次在中国ARS家系中报道。

简介：摘要目的对2例黏多糖贮积症(mucopolysaccharidosis，MPS)患者进行全外显子测序以明确其遗传病因。方法采集2例MPS患者及家属外周血提取基因组DNA，采用全外显子组测序进行基因检测，寻找致病位点。对全外显子测序筛选出的致病基因进行Sanger测序、生物信息学分析及家系验证，并应用RT-PCR进一步明确剪切突变对于mRNA的影响。结果先证者1为25岁男性，基因检测发现该患者携带α-L-艾杜糖苷酶(IDUA)基因复合杂合突变：p.T179R及p.S633L，诊断为MPSⅠ型。其母亲和姐姐携带杂合突变p.T179R，其父携带杂合突变p.S633L，符合常染色体隐性遗传。先证者2为3岁男性，基因检测发现该患者携带艾杜糖醛酸硫酸酯酶(IDS)基因IVS 6-8A>G剪切突变，其母亲和外祖母均为IVS 6-8A>G杂合突变携带者，临床表型正常，符合X-性连锁遗传病，诊断为MPSⅡ型。RT-PCR产物序列分析显示IDS基因IVS 6-8A>G剪切突变激活了内含子6区域上游的隐藏剪切位点，导致外显子7中插入7个核苷酸，引起框移及肽链截短。结论本研究在2例MPS患者中通过外显子测序分别发现了IDUA p．T179R、p.S633L及IDS IVS 6-8A>G突变，进一步扩展了MPS的突变和表型谱。

简介：摘要目的对2例低磷酸酶症(hypophosphatasia，HPP)患者及其家系进行临床分析及基因变异检测，以探讨HPP的致病机制，加强我们对HPP的诊治经验。方法收集2例HPP患者及其家属外周血提取基因组DNA，采用全外显子组测序进行致病基因检测，并通过Sanger测序和家系验证确认其遗传方式。利用生物信息学软件对变异位点进行功能分析。结果先证者1临床表现为发育迟滞、漏斗胸和乳牙过早脱落等临床表现，血清碱性磷酸酶水平略低于正常值，临床高度怀疑HPP进行基因检测，结果发现先证者1的碱性磷酸酶基因ALPL上带有复合杂合变异(c.1120G>A和c.1334C>G)，分别遗传自父母，符合常染色体隐性遗传；且两种错义变异经多种生物信息学预测均为有害，美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)分级为疑似致病性；综合以上结果先证者1被诊断为儿童型HPP。先证者2临床表现为恒牙缺失3颗而无骨折史以及其他骨骼异常，血清碱性磷酸酶水平明显低于正常值范围，基因检测发现该患者携带c.1190-3C>G的单杂合变异，遗传情况不明，ACMG指南初步判定为临床意义未明变异；综合以上结果先证者2被诊断为牙齿型HPP。以上三种变异均未见报道，认为是新发变异。结论本研究进一步证实HPP是一种与ALPL变异相关的疾病。其中变异c.1120G>A和c.1334C>G分别位于组织非特异性碱性磷酸酶的重要功能域：同型二聚体结合区和冠状区，影响该酶的功能；而c.1190-3C>G可能通过影响基因的剪切，影响碱性磷酸酶的活性。

简介：无

简介：摘要目的对3个连续发生非免疫性胎儿水肿(non-immune hydrops fetalis，NIHF)的家系进行分析，探讨在拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)结果为阴性时，联合父母-胎儿全外显子测序(trio whole exome sequencing，trio WES)在明确非免疫性胎儿水肿病因中的应用价值。方法收集孕妇妊娠的羊水或胎儿流产物，对孕妇羊水进行CNV-seq检测，确认结果为阴性后，取胎儿双亲外周血进行trio WES。结果家系1胎儿检测出SOX18基因c.976G>T(p.Glu326*)杂合变异，RYR1基因c.844C>T(p.Arg282Trp)和c.9472+1G>A复合杂合变异，这3个变异遗传自胎儿父母，根据美国医学遗传学以及基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG)遗传变异分类标准与指南，SOX18基因c.976G>T变异为致病性变异(PVS1+PM2+PP3+PP4)，RYR1基因c.844C>T变异为可能致病性变异(PM1+PM2+PP3)，RYR1基因c.9472+1G>A变异为致病性变异(PVS1+PM2+PP3)；家系2胎儿检测出PIEZO1基因c.6682C>T(p.Gln2228*)和c.4373_4383del(p.Val1458Alafs*63)复合杂合变异，这两个变异遗传自胎儿父母，根据ACMG指南评级证据，PIEZO1基因c.6682C>T变异和c.4373_4383del变异均判定为致病性变异(PVS1+PM2+PP4，PVS1+PM2)；家系3检测出TTN基因c.29860G>C(p.Asp9954His)和c.21107A>T(p.Asp7036Val)复合杂合变异，这两个变异遗传自胎儿父母，基因变异有临床意义，考虑可以解释胎儿表型，根据ACMG指南评级证据，TTN基因c.29860G>C变异和c.21107A>T变异均为可能致病性变异(PM1+PM2+PP3)。结论建议在胎儿确诊为NIHF以后，同时进行CNV-seq和trio WES的检测，trio WES可在CNV-seq检测结果为阴性时提高其检出率。

简介：无

简介：摘要MET14外显子(METex14)跳跃突变的分子机制主要是METex14跳跃导致c-Cbl酪氨酸结合位点丢失，从而引起蛋白酶体介导的MET蛋白降解率降低，使MET信号持续激活，最终导致肿瘤发生。METex14跳跃突变在非小细胞肺癌中的发生率为3%～4%。作用于METex14跳跃突变的药物包括克唑替尼、卡马替尼、特泊替尼、沃利替尼等，且客观缓解率均较高，安全性良好。但是由于存在基因扩增、第二位点突变、旁路激活和病理类型转化等，经靶向药物治疗后出现药物耐药需引起注意。

简介：【摘要】：人表皮生长因子受体家族已经成为非小细胞肺癌重要治疗靶点，经典的致敏EGFR突变，如外显子19缺失和外显子21 L858R点突变，对酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)反应良好。然而，在5-12% EGFR突变的NSCLC中观察到EGFR外显子20插入突变，并且对TKIs靶向治疗具有耐药性，且预后较差。这与EGFR ex20ins突变变体在分子水平上的异质性有关，发现该突变促进了活性激酶构象，但不增加对EGFR TKI的亲和力。因此，这一人群的预后下降。因此，对于EGFR突变的NSCLC患者，化疗仍然是最合适的策略。最近，新的治疗策略在这一领域被报道，包括在这篇文章中，我们对EGFR外显子20插入突变NSCLC的治疗进展进行了全面综述。

简介：摘要目的探讨1个丙酸血症家系的遗传学病因，为其遗传咨询及产前诊断提供依据。方法应用高通量测序技术对先证者及父母进行核心家系全外显子组测序(whole exome sequencing, WES)，用生物信息学软件对变异位点进行致病性分析，并对阳性位点进行Sanger测序验证，检测变异位点是否符合共分离。先证者母亲再次怀孕后于孕18周经羊膜腔穿刺行产前诊断。结果核心家系全WES检测在先证者PCCA基因上检出c.1845＋1G>A和c.446delA(p.N149Tfs*35)两个新变异，其父亲携带c.1845＋1G>A杂合变异，母亲携带c.446delA杂合变异，先证者二姐遗传来自父亲的c.1845＋1G>A变异，胎儿携带c.1845＋1G>A杂合变异，出生后随访正常。结论PCCA基因c.1845＋1G>A和c.446delA变异是该丙酸血症家系的致病原因，为家系遗传咨询及产前诊断提供了依据。

简介：摘要目的评估全外显子测序技术（WES）在产前临床应用于传统产前诊断阴性的异常胎儿的价值。方法对2014年1月至2019年12月在广州市妇女儿童医疗中心行侵入性产前诊断［包括G显带染色体核型分析和（或）染色体微阵列分析（CMA）检测］，结果为阴性的1 152例先天性发育异常（包括先天性结构畸形及超声软指标异常）胎儿进行核心家系WES检测。根据WES检测的时间节点与妊娠终止的关系，分为回顾组（妊娠已终止）及前瞻组（妊娠未终止）。根据胎儿畸形的具体发生部位区分各器官畸形亚组，并根据家族史情况分亚组。随访所有入选胎儿的临床预后，并统计WES检测结果对妊娠决策及临床干预的影响。根据随访结果，对初次WES检测未获得阳性诊断但孕晚期或出生后有新增表型胎儿的数据进行重分析。结果接受WES检测的1 152个家系中有5例检出非胎儿生物学父母而被剔除，其余1 147例中共152例胎儿获得阳性诊断（13.3%，152/1 147），包括回顾组74例（16.1%，74/460），前瞻组78例（11.4%，78/687）。对未获得阳性诊断但孕晚期或出生后出现新增表型的胎儿进行WES检测数据的重分析，阳性诊断率为4.9%（8/163）。共34例（21.3%，34/160）受检者的妊娠结局及临床干预直接受对应的WES阳性诊断影响。在诊断性变异为4级的68例活产儿中，29例（42.7%，29/68）通过快速回顾WES结果获得了适当的医学干预。结论WES对染色体核型分析和（或）CMA阴性的异常胎儿可额外提高13.3%的检出率。产前WES可指导妊娠决策及早期临床干预。重视妊娠晚期及胎儿出生后的专科随访并进行WES数据重分析是提高检出率的有效策略。

简介：摘要目的对1例孤独症谱系障碍合并45，X/46，XY嵌合体患者进行基因检测。方法抽取家系的血液标本提取DNA进行全外显子测序(whole exome sequencing，WES)筛选可疑致病性变异位点，并应用Sanger测序方法对变异位点进行验证。结果检测到先证者中孤独症谱系障碍相关基因CACNA1I基因c.4781G>A(p.Arg1594Gln)的错义变异。染色体数目变异相关基因MTRR基因c. 268C>T (p.Arg90Trp)的新发错义变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南，CACNA1I基因c. 4781G>A(p.Arg1594Gln)变异判定为致病性变异(PVS1，PM1，PM2，PP3)。MTRR基因c. 268C>T (p.Arg90Trp)判定为意义不明的变异。结论MTRR基因c.268C>T (p.Arg90Trp)和CACNA1I基因c.4781G>A(p.Arg1594Gln)可能是患者性染色体数目变异和孤独症谱系障碍的风险基因。