简介:序列比对是将蛋白质中的基因或氨基酸进行对齐的动作,目的是要找出两序列的相似程度,而多重序列比对则是同时比对多个DNA或蛋白质序列,找出此序列群组中最佳的比对结果.本研究结合遗传算法及模拟退火算法,先利用遗传算法优化种群的概念,随着世代演进逐渐产生近似最佳解,再利用模拟退火算法进行小区块内的比对修正.实验结果显示,利用遗传算法与模拟退火算法的结合,使得遗传算法在跳脱局部最佳解的时候能有更大空间移动,而且也让模拟退火算法能有效解决经由遗传算法初步比对之后所产生的不良区域.两种算法结合的序列比对结果比任何单一算法的结果好,因此可以提升整体比对效果,将来能够为生物学家在判断未知序列功能时提供适当的帮助.
简介:摘要目的本研究以目前国际病毒分类委员会(ICTV)所接受的肠道病毒分界标准为基础,通过客观地比较全基因组/多聚蛋白两两相似值,试图寻找一种简单可靠的方法来对新的肠道病毒进行的分类。方法分析960株肠道病毒在全基因组水平上的两两比对相似值(pairwise identity scores,PIS)的频率分布图,观察在不同肠道病毒型别、不同种及不同属之间是否存在明显的分类界限,结合病毒聚类和系统发育树的结果寻找能够区分肠道病毒不同种/属的标准。结果肠道病毒不同种间及与相近病毒属之间在全基因水平上存在比较好的PIS分类界限。多聚蛋白核苷酸PIS为0.657和0.536时可对肠道病毒进行可靠、稳定的种和属的分类。结论肠道病毒多聚蛋白核苷酸序列间PIS在种和属水平上具备明显的遗传边界,并能够简单、可靠地用于肠道病毒监测实验室新种属的初步鉴定。
简介:摘要: 本文根据 CNAS-CL01<检测和校准实验室能力认可准则》的要求,利用示波器校准仪对标准示波器进行测量,测量是由两组人员在同样条件下进行比对的过程方法,对测量结果进行评定,验证校准人员的能力。