简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。
简介:由于广西一些养殖场频繁发生以母猪流产、死胎、木乃伊、仔猪呼吸道症状等为特征的流行性传染病,怀疑为猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染所致.广西大学动物科学技术学院黄伟坚等从病猪中采集材料,经RT—PCR检测为硝、性后,接种于Marc-145细胞,经过六代盲传,发现典型的细胞病理变化(CPE),经鉴定为PRRSV,命名为GXA株,其毒价为105.33TCID50/mL.参考VR-2332和CH-la株基因序列,设计了3对特异性引物。分别对GXA株的E、M、N基因同时进行了RT—PCR扩增、克隆和测序.应用DNAstar生物学软件拼接得到GX丸株的E,M和N3个基因片段共长为1473bp.同源性分析表明。GXA株与VR-233、MLV和RJ-4的同源性为99.7%-100%,而与欧洲型代袭株LV的同源性只有66.4%.表明GXA与VR-233、MLV和RJ-4株亲缘关系比较密切;与欧洲代表株LV亲缘关系较最远。属于美洲型毒株,有可能来源于疫苗株.
简介:分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallussp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示:在23尾个体中共检测到3个单倍型(Hap1、Hap2,及Hap3),其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数(0.530)和核苷酸多样性(0.00053)远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%(P〈0.05),已产生一定的遗传分化。
简介:用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏PhoxinuslagowskiiDybowsky的遗传多样性。经PCR扩增和测序,获得了783~785bpD-loop和818bpCytb的同源序列。两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cytb)个变异位点,分别检测出15(D-loop)和11(Cytb)个单倍型,总群体单倍型(H_d)分别为0.8966(D-loop)和0.8990(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0246(D-loop)和0.0498(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cytb)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cytb)来自群体内。单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主。拉氏的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显。该结果可为拉氏的种质资源保护提供参考。
简介:随着养猪生产的进一步产业化,使养猪企业生产经营方式和养殖规模日趋庞大。与此同时,猪场产生的大量粪尿、废物和有机废水等给环境造成的污染问题也日益严重。如何有效利用猪场的各种废弃物,化害为利,及早防止造成环境污染,改善和保护环境,促进经济。环境和社会的协调发展,是养猪业发展过程中所面临的新问题。在经营管理中.把猪场经济系统与其它经济有机结合起来,建立一个高产,优质、高效、低耗的人工生态型畜牧场是十分必要和势在必行的。绿化是猪场环境改善最有效的手段之一,它不但对猪场环境的美化和生态平衡有益,而且对工作、生产也会有很大的促进。绿化对于建立人工生态型畜牧场,无疑将起着十分重要的补充和促进作用。
简介:湖北电视台报道:一种由中、泰两国专业人员联合推出的新型养殖模式-标准化养猪150模式.今年湖北省大力推广以来初见成效,这项技术在有效解决农村养猪环境脏、疫病难防、成本高的三大难题的同时,提高了经济效益。它的内容就是1个农户建1栋存栏150头猪的标准化猪舍.1年出栏450头商品猪,养殖效益可以达到5万元,从而来实现养殖效益的最大化。150模式与传统养殖模式相比.采用的品种好,适应市场的需求.投料少.降低了饲养成本,减少了兽药的用量,可以避免药物的残留,食用更安全。今年,湖北省已在黄冈、宜昌、襄樊等生猪主产地发展标准化养猪150模式的示范户50多户,并已取得初步成效.“十一五”期间将在全省农村大力推广,示范户将扩大到10000户。