简介:动态贝叶斯网络(dynamicbayesiannetwork,DBN)是一种基于时序表达数据构建基因调控网络的重要方法。然而目前的DBN方法因计算时间太长,结构不稳定,准确度低,对有效性有很大影响。根据动态贝叶斯网络的度量可分解性质,将动态贝叶斯网络分为初始网络与转移网络分别进行结构寻优,在寻优时将基于静态贝叶斯网络的最大权重生成树算法与贪婪搜索算法相结合,移植入动态贝叶斯网络中,建立基因调控网络模型。提出了一种从时序数据中构建基因调控网络的方法,克服了贝叶斯网络不能描述循环调控的缺陷,也从规模上简化了网络构建问题。通过与相关实验文献的对照,验证了提出方法的有效性,网络学习时间明显缩短,网络结构更加稳定。
简介:研制人线粒体DNA(mitochondrialDNA,mtDNA)表达谱芯片,鉴定芯片的特异性和稳定性,完善芯片的制备和使用程序,优化实验参数,为线粒体功能研究提供物质基础及技术保障。以人mtDNA剑桥序列为标准,设计mtDNA编码的13种mRNA、2种rRNA和9种tRNA基因及蛋白产物定位于线粒体的核DNA(nDNA)编码的5种凋亡相关基因寡核苷酸探针。芯片点样仪点制芯片,进行荧光显示和洗脱,用其检测人宫颈癌上皮Hela细胞和人肾小管上皮Hc1细胞cDNA文库mtDNA编码基因及nDNA编码凋亡相关基因的差异表达情况。所点制的芯片扫描结果显示,样点分布均匀、清晰,规整度好,无漏点、连点。cDNA文库杂交鉴定结果显示,整张芯片荧光信号均匀一致,背景清晰,各基因重复样点杂交结果一致,各质控点能正常显示。成功制备了人mtDNA基因表达谱芯片,完善了该芯片的制备和使用程序,通过初步应用,证明所研制的人mtDNA基因表达谱芯片具有特异性高、稳定性好等优点,可用于不同组织或细胞样本cDNA文库mtDNA基因的差异表达分析。
简介:据2012年7月31日GovanJM(AngewChemIntEdEngl,2012Jul31.doi:10.1002/anie.2012.3222.)报道,美国北卡罗来纳州立大学的研究人员利用细胞内自然产生的过氧化氢开发出一种开启基因表达的方法。该方法也可用作一种高度敏感的过氧化氢检测器,从而可能有助于科学家们确定这种分子在细胞健康和疾病中所发挥的作用。在功能正常的细胞中,过氧化氢作为一种信使发挥作用:它携带信号进入细胞以便让细胞对外部刺激或事件作出反应。一旦信息传递完毕。过氧化氢就扩散开来并消失掉。过氧化氢通过氧化或修饰蛋白中的某些氨基酸从而影响蛋白的功能。研究人员研究目的是是否能够利用过氧化氢的氧化能力来控制基因表达.为此他们利用一种让萤火虫发光的基因作为测试对象,设计出一种分子:它对过氧化氢比较敏感,而且能够让活的哺乳动物细胞中的萤火虫荧光素酶基因表达。当过氧化氢存在时.荧光素酶基因表达.从而导致细胞发光。
简介:通过比较脑肿瘤患者和正常人脑脊液的二维凝胶电泳图谱(two-dimensionalelectrophoresis,2DE),并对差异蛋白进行质谱鉴定,以寻找肿瘤特异脑脊液蛋白.以脑肿瘤患者和正常人的脑脊液为研究对象,采用固相pH梯度(immobilizedpHgradient,IPG)2DE分离总蛋白质,凝胶经银染显后,用ImageMaster2D图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质.结果得到肿瘤患者脑脊液蛋白点924个,正常脑组织蛋白点607个,匹配512个,匹配率分别为55.4%和84.3%,去冗余后发现,有35个蛋白点只在脑肿瘤患者脑脊液图谱中出现.肿瘤患者脑脊液和正常对照脑脊液双向电泳图谱有明显差别,但是本实验尚未对这些差异蛋白进行质谱鉴定,所以未找出肿瘤特异蛋白.
简介:探索烟酒成瘾者的差异表达基因及成瘾机理。基于烟酒成瘾者的基因表达数据,利用方差分析方法分别提取吸烟成瘾与饮酒成瘾样本中的差异表达基因,根据其对应的生物过程对成瘾机理展开研究。吸烟成瘾的特征基因数量为197,饮酒成瘾的特征基因数量为77,七条基因在吸烟和饮酒特征基因中均有出现。TMEM53基因和TLN2基因的表达量对吸烟与饮酒均成明显的负相关;IGFBP7、FN1、HNRNPA2B1、FLJ59422、SYNJ1基因对吸烟与饮酒均成明显的正相关。其中TLN2、FN1、IGFBP7、HNRNPA2B1均与癌症存在密切的相关性,故烟酒成瘾可能对癌症的发病和治疗产生影响。
简介:目的通过功能富集与网络分析方法,对肝癌浸润相关候选基因进行生物信息学分析,旨在从分子水平系统探究肝癌浸润的发病机制,并为后续实验提供一些有意义的信息。方法首先,从与肝癌相关公共数据库Liverome下载与肝癌浸润相关的差异表达基因,共涉及278个相关候选基因。然后,通过ToppFun、STRING、NetworkAnalyzer等生物信息学分析工具,对涉及的278个与肝癌浸润相关候选基因进行系统的分析。最后,通过网络映射分析方法,对与肝癌浸润相关候选基因进行关键基因(HubGene)筛选,并通过iHOP在线软件,以及Pubmed文献检索方法对这些基因进行文献挖掘分析。结果通过对与肝癌浸润相关候选基因进行功能富集分析发现,这些基因主要参与细胞周期与增殖、细胞迁移与黏附、细胞骨架、血管形成等生物过程,而且这些基因共表达于肝癌与肝癌转移上调和下调等基因功能。对相关基因进行通路富集分析发现,这些基因参与调控细胞周期与增殖、能量供给、赖氨酸降解等生物通路,对肝癌浸润的发生、发展发挥调控作用。除此之外,通过网络分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20个处于网络关键节点的基因(HubGene)。之后,通过文献检索方式,对关键基因进行与肝癌浸润相关的功能验证,发现并预测CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因与肝癌浸润过程存在关联但作用机制尚未被挖掘。结论利用生物信息学手段,能够有效分析肝癌浸润的相关基因,并可以从分子水平系统探究其发病机制,为临床诊疗及后续实验提供一些有价值的信息。
简介:分析慢性移植肾肾病(CAN)患者与移植物功能稳定肾移植受者外周血基因表达差异,探索CAN免疫致病机制。从GEO数据库获取GSE12187和GSE22229两个肾移植受者外周血的基因芯片表达谱数据集,选取其中13个CAN样本为实验组,15个移植物功能稳定的样本为对照组。以SAM筛选两组样本的差异表达基因。应用DAVID及GENECODIS网络工具对差异基因进行功能富集分析。通过Cytoscape软件的MiMI插件进行差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。SAM筛选出上调基因168个,下调基因141个。基因富集结果显示,上调基因主要为调控转录和翻译过程的基因,而下调基因参与广泛信号传导通路以及基因表达的调控。Cytoscape软件的PPI分析筛选出19个CAN相关核心基因。CAN患者与移植肾功能稳定受者的免疫功能状态存在显著差异;CAN致病机制涉及免疫细胞复杂的基因表达调控及细胞增值、凋亡、迁移等广泛的信号传导通路变化;免疫细胞在基因的转录、RNA加工、翻译及蛋白质代谢等环节的改变可能在CAN的致病中发挥了关键作用;TAGAP、EIF3F、NUDT21、PAPOLA、RPL等CAN核心基因的免疫调控机制需要深入探索。
简介:建立微波消解-石墨炉原子吸收法测定吸收性明胶海绵中的铬(Cr)含量的方法。选择硝酸作为微波消解的酸,明确了微波消解和石墨炉的工作条件。方法的检出限为0.004mg/kg;定量限为0.013mg/kg;样品进样的精密度的相对标准偏差(RSD)为4.04%(n=11);同批样品重复性的RSD为3.63%(n=7);回收率为92.79%~109.31%。本方法准确简便,可用于吸收性明胶海绵中重金属Cr含量的测定。
简介:Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用。本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系,得到小鼠心脏发育的核心基因调控网络(GRNs)。与文献中总结的小鼠的GRNs作比较,发现Nkx2.5在小鼠心脏发育基因调控网络中的核心地位没有改变,并且Nkx2.5在网络中主要扮演了调控者的角色,它直接调控很多转录因子。Gata4是另一个主要起调控者作用的转录因子。另外小鼠的Mef2c和Hand1处于被多个转录因子调控的地位。变化比较大的是Tbx5所涉及的调控网络,主要有两点:Nkx2.5对Tbx5的表达有没有调控作用以及Tbx5对自身的表达有没有调控作用。研究表明生物信息学分析对具体实验研究有一定方向性指导意义。
简介:钨元素在预灌封注射器包装组件的加工工艺中引入,随着医用透明质酸钠凝胶的使用直接进入人体。为了实现产品中钨的准确定量,建立了微波消解-电感耦合等离子体质谱测定医用透明质酸钠凝胶中钨元素的含量的方法。此方法准确简便,检出限为0.0006mg/kg,定量限为0.002mg/kg;回收率为95.2%~104.5%。使用该方法对12家市售产品进行测定,钨的含量在0.03~4.56ug/g之间。通过毒理学分析计算,得到每日摄入的钨元素的量应小于75mg/d。此类产品可满足人体的安全性评价要求,但可继续通过工艺革新等措施减少人体钨的摄入量。