简介:研究了68个TR(ThyroidHormoneReceptor,甲状腺激素受体)配体化合物的化学结构与活性的定量构效关系.采用实验室新近提出的三维原子场全息相互作用矢量,对化合物进行了结构参数化表达,采用逐步回归对变量进行筛选后,建立了定量构效关系模型.复相关系数和交互检验复相关系数R^2=0.767,Q^2=0.625(TRα),R^2=0.734,Q^2=0.61(TRβ).模型具有良好的稳定性和预测能力,证明了该三维原子场全息相互作用矢量在分子结构表征和生物活性预测上的适用性,并可应用于潜在和新型的TR配体化合物的设计和开发.
简介:对TATB及其系列衍生物进行了半经验分子轨道PM3和AM1计算,求得全优化几何构型和电子结构.结果发现各化合物分子中C-NO2键的Wiberg键级(WCN)均小于其他C-N或C-C键的键级.实验撞击感度h50%与WCN计算结果之间分别呈三阶或二阶多项式关系,相关系数r≥0.92.当WCN<0.90时,该值对撞击感度影响甚微,表明属高感度炸药;而当WCN>0.90时,撞击感度与分子中最小的C-NO2键级WCN呈显著的线性关系,WCN增大,撞击感度线性递减,符合判别感度相对大小的"最小键级原理".
简介:建立糖原合成激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的三维构效关系,可预测新的糖原合成激酶-3β抑制剂.通过确定分子的药效构象,与选定的模板分子进行叠合,采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)分别建立38个糖原合成激酶-3β抑制剂的3D-QSAR模型.比较分子力场分析法所建立的模型的决定系数q2=0.711,非交叉验证系数r2=0.887,标准偏差ES=0.411,显著系数F=109.856;比较分子相似性指数分析法所建立模型的决定系数q2=0.605,非交叉验证系数r2=0.931,标准偏差ES=0.326,显著系数F=122.122.该模型在一定程度上反映了结合部位的性质要求,解释马来酰胺类抑制剂的构效关系,具有较好的预测能力.
简介:应用AM1法几何全优化计算获得47个靛红衍生物的电子结构、几何结构和分子性质的各种参数,然后采用多元线性回归方法,构建化合物对急性单核组织细胞淋巴瘤细胞U937的体外抗肿瘤活性的预测模型.模型复相关系数(R。)、留一法(LOO)交互检验复相关系数(Rcv2)和均方根误差分别为0.851,0.825和0.347,用预测集样本进行了外部预测,所得外部预测集交互检验系数Qext^2为0.725,表明所建QSAR模型具有较好的稳健性和较强的预测能力,模型外推有效.模型结果表明:疏水参数logP越大,ELUMO越负,化合物抗肿瘤活性越大.对模型应用域(AD)进行了表征,所建模型可以应用于应用域内靛红衍生物对U937抑制活性的预测,具有潜在应用价值.
简介:采用密度泛函理论B3LYP方法计算了13个13位取代苦参碱衍生物的电子结构,研究了化合物结构与抑制人肝癌细胞HepG2抗癌活性的定量构效关系(QSAR).结果表明:(1)13位取代的苦参碱类衍生物的最低空轨道能ELUMO越低,最低空轨道与最高占据轨道的能隙ΔE越小,化合物抗癌活性越高;(2)分子的能量Etotal、面积S以及体积V越大,其极化度P越大,活性越大;(3)分子的油水分配系数logP越大,活性越大,即分子的疏水性增大活性增强.综合得到了显著性较好的QSAR方程:-lgIC50=97.008-11.759ΔE+818.602QC2-2.132×10-4Etotal,可用于预测该类衍生物抑制人肝癌细胞HepG2的活性并进行分子设计.
简介:运用多种方法、多种基组对PF(X3∑-)的平衡结构进行优化计算.用QCISD/6—311G(df)方法得到的平衡结构为RPF=0.1589nm,与实验值RPF=0.15897nm进行比较,最为接近,得出QCISD/6—311G(d,)基组为最优基组;然后对PF(X3∑-)进行单点能扫描计算,用正规方程组拟合Murrell-Sorbie函数,得到相应电子态的势能函数解析式,由势能函数计算了与PF(X3∑-)态相对应的光谱常数,结果与实验数据较为一致.这些数据为反应动力学提供了理论依据.
简介:在对木聚糖来源及其结构进行分类比较的基础上,采用分子动力学模拟方法及MaterialsStudio4.0软件对蔗渣木聚糖及木糖单元等进行微观模拟计算.通过原子净电荷、电子密度和Fukui函数分析等分析方法,对蔗渣木聚糖的木糖单元进行结构优化,得到了蔗渣木聚糖的木糖单元优化构型的键长、键角和电荷密度.木糖单元原子的Hirshfeld净电荷与Fukui函数分析数据表明,木糖单元的活性中心主要在C(3)上的羟基位置,且羟基氧原子易受亲电试剂的攻击,羟基氢原子易受亲核试剂的攻击.对蔗渣木聚糖单分子链及无定形结构进行模拟,得到了蔗渣木聚糖的微观结构模型,显示蔗渣木聚糖分子具有链状结构,大致呈螺旋状.获得了蔗渣木聚糖的最优化无定形结构,并通过计算得到了其最优化无定形结构的X射线衍射图谱.研究结果为系统探讨蔗渣木聚糖及其衍生物的结构与性能关系奠定了基础.