简介：摘要目的应用微阵列比较基因组杂交（Array-CGH）联合荧光定量聚合酶链反应（QF-PCR）检测分析自然流产组织，探索该联合检测手段的特点与应用，进而为自然流产发生的遗传学因素提供参考。方法采集2016年7月至2019年9月就诊于大连市妇女儿童医疗中心的345例自然流产患者的流产组织，并采用Array-CGH联合QF-PCR技术进行遗传变异情况检测，分析其检测结果。结果QF-PCR技术共检测出染色体数目异常213例，Array-CGH技术补充检出染色体结构异常24例，综合遗传学异常检出率达到68.7%（237/345），并检测出本地区常见流产组织染色体异常类型。高龄孕妇（≥ 35岁）与非高龄组（<35岁）、孕早期孕妇（<10周）与非孕早期组（≥ 10周）流产组织染色体异常发生率比较显著增高[84.43%（141/167）比53.93%（96/178）、59.42%（205/284）比9.28%（32/61）]，差异有统计学意义（P<0.01）。结论Array-CGH联合QF-PCR技术分析全面准确，互为补充。部分染色体异常在流产组织中较为常见，需重点检测分析。应对高龄孕产妇开展及时的产前遗传咨询与监测，对孕早期发生的流产警惕遗传学因素。

简介：摘要目的应用微阵列比较基因组杂交（Array-CGH）联合荧光定量聚合酶链反应（QF-PCR）检测分析自然流产组织，探索该联合检测手段的特点与应用，进而为自然流产发生的遗传学因素提供参考。方法采集2016年7月至2019年9月就诊于大连市妇女儿童医疗中心的345例自然流产患者的流产组织，并采用Array-CGH联合QF-PCR技术进行遗传变异情况检测，分析其检测结果。结果QF-PCR技术共检测出染色体数目异常213例，Array-CGH技术补充检出染色体结构异常24例，综合遗传学异常检出率达到68.7%（237/345），并检测出本地区常见流产组织染色体异常类型。高龄孕妇（≥ 35岁）与非高龄组（<35岁）、孕早期孕妇（<10周）与非孕早期组（≥ 10周）流产组织染色体异常发生率比较显著增高[84.43%（141/167）比53.93%（96/178）、59.42%（205/284）比9.28%（32/61）]，差异有统计学意义（P<0.01）。结论Array-CGH联合QF-PCR技术分析全面准确，互为补充。部分染色体异常在流产组织中较为常见，需重点检测分析。应对高龄孕产妇开展及时的产前遗传咨询与监测，对孕早期发生的流产警惕遗传学因素。

简介：摘要目的探讨微阵列比较基因组杂交（array comparative genomic hybridization，aCGH）技术对于产前诊断意外检出Duchenne肌营养不良（Duchenne muscular dystrophy，DMD）基因重复/缺失的准确性。方法回顾性分析2018年7月至2019年12月在河南省人民医院5 025份无DMD家族史产前诊断样本中，经aCGH检出的31例DMD基因重复/缺失病例。同时使用多重连接探针扩增（multiplex ligation-dependent probe amplification，MLPA）技术对胎儿及孕妇进行验证，并参考美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）指南对检出DMD基因重复/缺失进行致病性分析。采用描述性方法进行分析。结果31例（0.62%，31/5 025）DMD基因重复/缺失中，25例≤200 kb，6例>200 kb；缺失24例，重复7例；外显子重复/缺失19例，内含子重复/缺失12例。对31例变异按照ACMG五分类评分，致病性变异17例，致病不明/可能良性/良性变异14例。检出的19例外显子变异中，17例为DMD基因内部变异，2例涉及DMD基因内部及以外区域变异，经MLPA技术验证，均获得阳性结果。结论aCGH技术检出的DMD基因外显子区域重复/缺失真实可信，对DMD诊断具有重要提示作用。对于同时涉及DMD基因内部及以外区域变异的病例，aCGH能够明确DMD基因上下游断裂点区域，为ACMG分级提供依据。

简介：摘要：目的: 探究母血游离胎儿DNA检测在染色体非整倍体无创产前早筛的可靠性及其临床价值研究。方法：选取宁夏医科大学总医院B超异常孕妇外周血样本120例，利用无创产前基因检测（NIPT）技术进行出生缺陷的筛查。结果：通过NIPT 检查120例发现，,109例正常，,11例异常，占比9.1%，21三体6例，18三体3例，13三体2例。结论NIPT在21-三体综合征的检测中灵敏度高于 18和13-三体综合征及性染色体非整倍体，可以作为21三体综合征的协助诊断方法。

简介：摘要分子诊断正在迅速发展，但许多尚未得到外部评价。Kelly Holloway及其同事发现目前监管体系的不足，并报告了近期做出的一些改革举措。

简介：摘要多基因组学测序研究开启了非小细胞肺癌（NSCLC）的靶向精准治疗时代，然而，小细胞肺癌（SCLC）基因组学研究较少，目前其发病机制、驱动基因尚未明确。组织获取困难、致瘤因素复杂、疾病进展迅速、化疗耐药机制不清是SCLC转化研究难以突破的主要原因。因此，多基因组学测序研究对于全面解析SCLC的基因组特征、明确肿瘤驱动基因以及探索药物治疗靶点显得尤为重要。文章分析了SCLC已发表的多基因组学等相关研究结果，并对其临床相关性等进行了初步探讨。

简介：摘要目的开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究（GWAS）的R脚本。方法参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法，2名程序员共同撰写R脚本（gwasfilter.R）后，由他人多次对脚本进行测试。结果采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数，可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时，程序用时不超过1秒。结论gwasfilter.R操作简便，筛选过程高效而标准化，可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址：https：//github.com/lab319/gwas_filter。

简介：摘要基因组的稳定性是细胞正常生长、发育等过程的必须条件。当DNA复制过程中出现损伤，进行及时的应答与修复对于维持基因组稳定性至关重要。在DNA损伤应答的过程中，翻译后修饰对于蛋白的调控与维持基因组稳定性及完整性具有重要意义。本文将对在DNA损伤修复应答过程中SUMO化修饰的研究进展进行阐述。

简介：摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列，采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间，与原型株比较，在编码区无碱基插入或缺失，在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%；与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析，可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E，本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%，P2区进化树图显示，本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近，P3区进化树图显示，本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性，非衣壳区呈现重组多样性，提示CV-A8正在经历变异动态变化； CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体，因此需要进一步加强监测CV-A8。

简介：摘要免疫疗法在各种恶性癌症治疗的进展中已被证明具有广阔的应用前景。然而，在晚期前列腺癌(PCa)的试验中却出乎意料地令人失望。对参与前列腺癌患者治疗的病理学家和临床医生来说，了解影响PCa生物学和生殖系(可遗传)突变的风险、PCa中发生的体细胞(获得性)突变的作用以及这些突变对潜在治疗的影响至关重要。本文将对前列腺癌的基因组突变包括错配修复基因(MMR)、乳腺癌易感基因1(BRCA1)或乳腺癌易感基因2(BRCA2)、细胞周期蛋白依赖性激酶12(CDK12)，以及其新的、发展的治疗领域，包括免疫治疗、聚ADP-核糖聚合酶(PARP)抑制剂、疫苗及其联合治疗进行综述。这些治疗方法结合起来可能会改变转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)的未来前景和患者的预后。

简介：摘要对山东省人感染猪链球菌菌株开展基因组流行病学及病原学分析，为制定合理、精准的猪链球菌预防、控制措施提供依据。本研究对分离的猪链球菌菌株开展分子分型、基因组系统进化树、毒力基因型别、耐药谱、耐药基因及其传播元件等方面的分析，并通过比较菌株刺激宿主细胞产生细胞因子的能力评价不同菌株的致病力。结果显示，血清2型、ST1型是山东患者来源猪链球菌的优势型别，其主要临床表现为脑膜炎。系统进化树分析表明山东菌株主要由5个分枝组成。山东菌株均属高致病型菌株，但细胞因子试验表明分枝2的菌株致病力显著强于其他山东菌株。除分枝3的SD2与SD4菌株外，其余山东菌株均携带不同种类的耐药基因及其传播元件。综上，山东猪链球菌的来源及进化途径存在多样性的特征，且致病能力有显著差异，需要在基因组水平开展菌株监测的工作。

简介：摘要目的探讨核型分析及基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-Seq)对于超声异常胎儿的诊断价值。方法采用CNV-Seq及核型分析技术检测201例超声异常胎儿的羊水标本。结果在201例样本中，染色体核型分析检出17例异常核型(8.46%)，包括非整倍体异常15例(7.46%)，其中21三体7例、18三体4例、其他4例。71.43%的21三体胎儿超声表现为不同程度的脑室扩张或合并其他超声异常，75%的18三体胎儿超声表现为脉络丛囊肿；两种检测方法有17.64%(3/17)的染色体异常结果存在差异，均为非整倍体的嵌合体。在184例核型分析正常的标本中，CNV-Seq额外检出了11例CNVs(5.98%)，包含6例明确致病性CNVs，5例致病性未知(variants of unknown significance，VOUS)CNVs。结论不论是胎儿超声软指标高风险还是结构异常，核型分析及CNV-Seq技术相结合的方法进行产前诊断是准确且有效的方法。

简介：摘要：目的: 探究母血游离胎儿DNA检测在染色体非整倍体无创产前早筛的可靠性及其临床价值研究。方法：选取宁夏医科大学总医院B超异常孕妇羊水标本195例，分别运用染色体微阵列分析技术（CMA）检测胎儿核型变化、利用这种技术进行出生缺陷的筛查。结果：通过CMA共检查195例，结果正常168例，异常，27例，占比是16.9%。与核型图谱结果一致；结论：CMA是胎儿出生缺陷的重要诊断技术，能够检出各染色体片段的微重复和微缺失。

简介：摘要出生缺陷与罕见病已成为重大公共卫生问题，早期防控和阻断是目前最有效的干预措施。近年来随着高通量测序等基因组检测技术的飞速发展，遗传性出生缺陷与罕见病的筛查和诊断水平得到了极大提高。本文从基因组学技术在孕前/胚胎植入前、产前、新生儿期各阶段的应用以及临床转化趋势等方面展开阐述，突显在基因组医学时代下构建早期精准预防控制体系的广阔前景。

简介：摘要目的采用全基因组测序对南京"5.7"192Ir源事故患者外周血及组织进行照后第2 047天(5年7个月零7天)基因变异分析，探讨其电离辐射引起的体细胞变异情况，为明确电离辐射引起的远后效应提供理论依据。方法收集南京"5.7"192Ir源事故患者王某照后第2 047天的背部正常皮肤组织、受照射范围内的骨及软组织、外周血3种样本，分别提取DNA后采用全基因组测序技术对样本进行高通量测序，并通过生物信息学对原始测序数据进行分析。以背部正常皮肤组织为对照，开展受照射范围内的骨及软组织、外周血的基因变异检测分析。结果与背部正常皮肤组织相比，受照射范围内的骨及软组织和外周血的基因组出现了多种基因变异，包括碱基置换(碱基转换、碱基颠换)、小片段插入、小片段缺失、拷贝数变异(拷贝数增加、拷贝数减少)以及结构变异(大片段缺失、大片段重复、倒位、染色体内易位以及染色体间易位)，受照射范围内的骨及软组织出现10 666个基因变异，外周血出现11 233个基因变异，变异DNA涉及上万个基因。这些基因变异存在于外显子、内含子、3'UTR(3'untranslated region，3'端非编码区)、5'UTR(5'untranslated region，5'端非编码区)、剪切位点附近、转录起始位点上游5 kb区域以内、转录终止位点下游5 kb区域以内、非编码RNA以及基因间隔区域，且所有染色体都存在基因变异。结论南京"5.7"192Ir源放射事故患者照后第2 047天受照射范围内的骨及软组织和外周血中存在大量的基因变异，可能影响机体的功能及电离辐射诱发的远后效应。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本，提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因组序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因组序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比，基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个，范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个，范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异，已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。

简介：【摘要】物种概念是一个充满争议的问题，其中至少存在24种有分歧的物种概念被不同研究方向的生物学家提出，依据其不同的物种概念，物种的界定以及物种的数量会出现很大的差异。学者们普遍认同的观点是：物种是进化分离的微居群谱系。在物种分离的过程中获得的谱系特征如生殖隔离、可鉴定性、单系统发生都可以作为鉴定其次级特征的不同方式。随着物种分析技术的发展与操作的不断改进，原核微生物物种的概念也有其自身的发展进程。

简介：摘要目的探讨染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis，CMA)对于高龄孕妇异常妊娠的检测价值。方法回顾分析562例高龄孕妇的CMA检测结果、妊娠结局及新生儿的随访结果。结果在562份羊水样本中，共检出胎儿染色体异常73例(12.99%)，包括21例(3.73%)染色体非整倍体和52例(9.25%)染色体拷贝数变异(copy number variations，CNVs)，其中包括病理性变异27例(4.80%)、可能致病变异4例(0.71%)、临床意义未知变异42例(7.47%)。与非高龄孕妇相比，在自愿检测、超声结构异常、超声软指标异常、无创产前检测异常指征下，高龄孕妇胎儿染色体非整倍体的检出率均高于非高龄孕妇。在染色体CNVs的检出率方面，高龄与非高龄孕妇、以及单纯高龄与非单纯高龄孕妇的差异均无统计学意义(P>0.05)。成功随访552例(98.22%)孕妇。在CMA检测提示病理性和可能致病变异的31例孕妇中，25例终止妊娠，6例(19.35%)正常分娩且新生儿未见明显异常。CMA检测提示为临床意义未知变异的41例孕妇中，3例选择终止妊娠，1例胎儿出生后发现畸形。在CMA检测未见明显异常、且成功随访的480例孕妇中，5例(1.04%)出现妊娠异常或胎儿出生后发现畸形。结论通过CMA检测预测的妊娠结局与实际存在一定的差异。CMA检测提示为临床意义未知变异的孕妇不良妊娠结局的比例较高，应重点关注。高龄孕妇无论是否合并其他症状，均建议其接受CMA检测。CMA联合其他检测手段是为这类孕妇进行产前诊断的趋势。