简介:摘要:宏基因组学主要是环境中全部微生物样本遗传物质进行测定,同时对微生物多样性、菌群结构以及功能活性等方面进行分析。本文综述了宏基因技术在微生物发酵、活性物质开发以及肠道微生物等方面的应用,为宏基因技术在未来微生物研究中提供方向。
简介:摘要宏基因组学主要是环境中全部微生物样本遗传物质进行测定,同时对微生物多样性、菌群结构以及功能活性等方面进行分析。本文综述了宏基因技术在微生物发酵、活性物质开发以及肠道微生物等方面的应用,为宏基因技术在未来微生物研究中提供方向。
简介:摘要目的分析并焦磷酸测序法与Sanger测序法检测在丙型肝炎病毒基因分型中的应用情况。方法选取2018年3月——2018年11月期间100例丙型肝炎患者,收集其血浆标本,分成相等的2份,其中1份采用焦磷酸测序法进行检测,另外1份采用Sanger测序法检测,对2种检测方法在丙型肝炎病毒基因分型结果进行对比。结果通过焦磷酸测序法和Sanger测序法对HCV-RNA进行基因分型,100例标本共有93例结果一致,其余7例结果不一致,一致率达到93.0%;焦磷酸测序法和Sanger测序法在高病毒载量检出率对比上无明显差异(P>0.05);焦磷酸测序法和Sanger测序法在低病毒载量检出率对比上存在明显差异性(P<0.05)。结论焦磷酸测序法对丙型肝炎患者开展病毒基因分型,检测结果可靠、准确,与Sanger测序法相比,焦磷酸测序法敏感度更高。
简介:水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被广泛用于生物体的多种功能研究。目前在水稻、玉米、油菜、黄瓜、大豆等多个物种中,已有从转录水平分析植物对水淹胁迫的分子响应机制相关研究报道,这对于深度解析植物耐涝的分子响应机制和加快作物耐涝品种选育具有重要意义。但目前尚未有转录组测序技术在植物水淹胁迫应用方面的综述。因此,本研究着重综述了植物水淹胁迫测序组织及时间点选择、各阶段基因表达水平、GO功能富集、小RNA的功能特征几个方面,并展望了新一代测序技术在植物抗逆机理研究中的应用前景。
简介:荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究分子生物学中基因表达的一种新型核酸定量技术,具备快速高效、特异性强、重复性好、灵敏度高和自动化程度高等优点,因而根据相应的实验材料选择适宜的内参基因对于提高qRT-PCR分析的准确性显得尤为重要。Actin基因表达范围广且表达稳定,常常作为内参基因应用于qRT-PCR表达分析中。前期利用转录组测序(RNA-seq)技术获得了西葫芦低温弱光转录组数据库,本研究从中筛选到1条长达2543bp的cDNA,并对其进行了序列分析。生物信息学分析结果表明,该序列包含1个开放读码框(ORF),大小为2064bp,预测编码氨基酸数为682个,理论分子大小约为79.67kD,蛋白质等电点为6.28。WolfPsort分析发现,CpActin蛋白亚细胞定位于细胞核中。MotifScan分析显示,CpActin蛋白质的氨基酸序列207~406位和558~682位分别为Actin的中端和C端保守区域。同源性分析表明,基因编码的蛋白质与同为南瓜属的中国南瓜和印度南瓜同源蛋白的相似性达到99%,具有高度的保守性。基于所获得的基因全长cDNA序列,设计了基因ORF全长引物对CpActin-F、CpActin-R,经PCR扩增得到一条特异、明亮的条带,经测序验证,序列与RNAseq数据库的cDNA序列一致,基因命名为CpActin,GenBank登录号为MH211008。在此基础上,设计了一对荧光定量PCR引物CpActin-Fq、CpActin-Rq,分析显示,该引物具有较高的特异性和扩增效率,且在西葫芦不同组织(根、茎、花和果)和不同胁迫处理[正常(25℃,300μmol/m^2·s)、低温处理(4℃,300μmol/m^2·s)、弱光处理(25℃,80μmol/m^2·s)、低温弱光处理(4℃,80μmol/m^2·s)、强光处理(25℃,2000μmol/m^2·s)和高温处理(38℃,300μmol/m^2·s)]叶片中均能稳定表达,适合在西葫芦基因qRT-PCR表达分析的研究中作为候选内参基因。
简介:摘要目的调查统计重庆及周边地区人群主要α、β地贫基因携带率及基因缺失、突变类型。方法收集2016年10月-2017年9月重庆各区域医疗中心进行地中海贫血基因检测的15081份临床样本检测结果进行统计分析。α地贫血采用琼脂糖凝胶电泳法,β地贫血采用PCR反向点杂交法。结果15081份样本中,α基因缺失799例。αα/-α3.7、αα/--SEA基因型携带率较高,分别为2.49%和2.31%。β基因突变595例,主要型别为β0CD17、CD41/42,β+IVS-II-654基因杂合突变,携带率分别为1.15%、1.13%、1.12%。结论重庆地区人群地贫基因携带率为8.16%,携带率较高,应该引起高度重视。为防止重型地贫儿出生,对孕妇或备孕妇女进行产前地贫基因筛查至关重要。
简介:摘要CRISPR(Clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats,成簇的规间隔短回文重复序列)/Cas(CRISPR关联)系统属于原核生物的免疫防御系统,该系统可识别外源DNA并将其切断来抵抗病毒干扰。根据其原理,CRISPR/Cas技术借助sgRNA(singleguideRNA)来引导Cas9核酸酶结合到特定的核酸序列实现目的基因位点的切割。CRISPR/Cas9是继锌指核酸酶(ZFN)和转录激活因子样效应物核酸酶(TALEN)后的一种广泛应用于基因组定位点编辑的有效工具,具有操作简单、实验周期短、成本低廉的优势,不可否认,这种基因编辑技术存在脱靶风险。为验证CRISPR/Cas9基因编辑的有效性和精确性,本实验将CPT1A基因作为靶基因,通过PCR增殖、靶基因与PCAG-EGxxFP载体连接,来形成载有CPT1A基因的质粒并转化入293T细胞系。研究图片显示,CPT1A载体在荧光显微镜下呈荧光,证明CRISPR/Cas9技术可进行基因编辑;只有部分基因呈现荧光状态,从而推测引导RNA的选择、非同源末端连接(HDR)修复效率低以及同源重组修复(NHEJ)的随机性影响了基因编辑的效率,所以CRISPR/Cas9技术仍存在改善之处。
简介:摘要目的实现APP/PS1双转基因阿尔茨海默病(AD)小鼠的繁殖并采用多对引物同时进行的多重PCR对子代小鼠进行基因型鉴定。方法将阳性转基因雄鼠与野生型雌鼠一对一进行交配,利用多引物多重PCR鉴定子代小鼠的基因型。结果在合适的PCR条件下三引物体系可以准确有效鉴定出子代小鼠的基因型。结论正确饲养繁殖及利用多引物同时进行的多重PCR对子代小鼠进行基因鉴定可以快速有效获得APP/PSl双转基因小鼠,为后续研究提供有效的AD动物模型。
简介:目的在中国肥厚型心肌病(hypertrophiccardiomyopathy,HCM)病例中观察分析TPM1基因突变特点和临床表型特点,以期为HCM的基因诊断提供理论支持。方法连续收集200例非亲缘关系的中国HCM患者以及307例对照人群的相关资料,完善临床评估。Panel二代测序检测MYH7、MYBPC3、MYL2、MYL3、TNNI3、TNNI2、TPM1和ACTC1基因,并对致病突变进行Sanger测序验证。分析TPM1基因(NM001018005.1,NP001018005.1)致病突变信息,总结基因型-临床表型特点。结果200例HCM患者中有3例携带TPM1基因致病突变:c.380T>A,c.523G>A,c.629A>G,分别导致编码蛋白α-原肌球蛋白突变:p.M127K,p.D175N,p.Q210R。3例患者发病年龄3456岁,平均45.3±11.0岁。其中p.M127K携带者于34岁发病,症状最重,有黑曚晕厥病史,给予经皮室间隔心肌消融术后一般情况好。其他两位有突变的患者症状相对较轻。3例患者随访数年对于治疗反应好。结论1.5%的中国HCM患者是由TPM1基因突变所致,均为错义突变。携带TPM1基因突变的HCM患者发病较晚,多为中年后发病,对于临床治疗反应好。