简介：【摘要】受饮食结构和不良生活习惯等多方面因素的影响，现如今疾病越来越多样化和年轻化，给人们的身体健康乃至生命安全造成了极大的威胁。这就需要加大生物制药研发力度，保证药物生产能够满足人类发展需求。药物研发是指新药研究和开发，涉及了计算机科学、生命科学、医学、药学、化学。药物研究的对象包括药物、受体，直接针对该对象的理想策略。计算机技术能够模拟受体大分子性质，预测配体与受体结构变化产生的新性质，并通过观察受体大分子与小分子在靶点的互相作用，确定药物与受体结合位点，同事还可修饰配体小分子结构，不断完善药物的动力学性质、药效学。

简介：摘要目的通过网络药理学方法及分子对接技术，分析蒙药嘎日迪十三味丸中诃子-珍珠干预脑卒中的药效物质基础、作用靶点及作用通路，为理解其"解毒"机制奠定基础。方法利用中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)预测诃子-珍珠成分靶点，利用GeneCards数据库检索脑卒中相关靶点。将2个平台的重叠靶点导入Metascape软件，进行GO生物过程分析、KEGG通路分析。应用LEDOKE进行关键分子及靶点的分子对接。结果共收集诃子-珍珠活性成分22个，预测得到与脑卒中相关靶点217个。其中1-O-没食子酰基-葡萄糖、铜、鞣花酸、诃子鞣酸、科里拉京等为诃子-珍珠发挥"解毒"作用的关键物质，IL6、TNF、热休克蛋白90 AA1 (HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、CASP3、孕烷X受体(NR1I2)、维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位1(VKORC1)、Na+/K+ATP酶A1亚基(ATP1A1)等靶点为其"解毒"关键靶点。这些靶点显著富集在有机环状化合物的细胞反应、体液水平调节、止血、对类固醇激素的反应、类固醇代谢过程、凝血等生物过程及氮代谢、IL-17信号通路等通路。分子对接从计算机模拟层面上验证了前期预测结果的准确性。结论诃子-珍珠干预脑卒中的过程与清除有害代谢产物、平息体内的炎症反应密切相关，与现代医学对脑卒中的病理过程的研究结论相符，也与蒙医理论对"邪毒"的阐释相符。

简介：计算机技术的发展极大地促进了生命科学研究进程。利用分子对接技术研究受体蛋白和药物相互作用是当前的热点课题。通过分别建立蛋白质和药物分子模型，并对它们的相互作用进行研究，进而为发现并设计出更加理想、安全、有效的药物打下深厚的基础。分子模型建立的问题已经得到很好的解决，但是分子与分子间以什么方式对接、怎样对接等问题尚待深入研究。本文就当前分子对接的研究进展作一综述，着重介绍了分子对接的方法和常用工具的研究情况。

简介：摘要综述了不同规模分子模拟技术在化工领域的发展现状，并利用定量计算方法研究了纳米级表界面的活性及其对催化反应的影响。分子动力学模拟可以用来研究限制条件下的流体行为，利用粗粒度模拟技术可以研究介观结构。最后，介绍了反力场仿真的仿真。随着仿真理论和并行技术的发展，定量程度的分子模拟越来越高，化学实验结果的应用越来越具有可比性，在化学生产中发挥着越来越重要的作用。

简介：分析：构成物质的粒子有分子、原子和离子。由分子构成的物质如果是由不同种分子构成的物质就是混合物；由同种分子构成的物质就是纯净物。纯净物又可分为单质和化合物，单质是由同种元素组成的纯净物，化合物是由不同种元素组成的纯净物。选项（A）是由同种原子构成的同种分子，它构成的物质属于单质。选项（B）、（C）是由不同种原子构成的两种不同分子，它们构成的物质属于混合物。

简介：运用分子动力学方法对高分子稀溶液进行了模拟,分析了链长、溶液密度对高分子链构象参数和动态特性的影响。模拟结果表明：高分子链的构象参数随溶液密度的增大而减小,随着链长的增加逐渐增大,但增大的倍数逐渐减小;链长的增加和溶液密度的增大限制了高分子链的随机运动能力,但当链长增加到一定程度后,链长对随机运动能力的影响逐渐减弱;高分子链的松弛时间随着链长的增加和溶液密度的增大而增大。

简介：鲍曼不动杆菌已成为最普遍的医院致病菌,且耐药情况严峻.LpxC作为新抗菌药物靶点被大量研究,但鲍曼不动杆菌LpxC晶体尚未解析得到,基于其结构的药物设计等工作无法开展.以铜绿假单胞菌LpxC晶体结构为模板,通过同源模建方法获得鲍曼不动杆菌LpxC结构模型.较好的Ramachandranplot分布和Profile-3D结果验证了模型的合理性.用分子动力学模拟优化鲍曼不动杆菌LpxC模型,修补部分不合理构象.后续分子对接结果显示S构型的苄氧乙酰基羟肟酸类抑制剂比R构型分子能更有效地结合在F191,H237和K238组成的较浅口袋中,这可能是S构型抑制剂活性更高的主要因素,模拟结果与实验数据吻合较好.

简介：高能化合物的生成，是由于光能转化成化学能的效率不及光向植物传递的速度。美国亚利桑那州立大学化学家德文斯·古斯特认为，这些化合物的生成并不是不受限制的，因为植物会通过一个精细的系统来抵御它们带来的危害。为了更好了解这一过程，古斯特和他的同事托马斯·摩尔教授、安娜·摩尔教授一起，设计了一个分子以模拟自然条件下的调节过程。

简介：摘要：目前沥青与集料之间的界面研究仅限于宏观性能，未涉及微观作用。该文选用Material Studio软件从微观角度对沥青与集料界面的粘附性展开研究。文章通过分子动力学模拟，用径向分布函数作为评价指标，分析得出沥青质与石灰岩的粘附性能随着温度的上升而增强，在相同的温度下，沥青质与石灰岩的粘附性强于沥青质与花岗岩的粘附性，通过模拟分析得出石灰岩作为集料能够提高路面的水稳定性。

简介：摘要凝集素Tachylectin-2是从鲎属日本马蹄蟹（Tachypleustridentatus）血细胞大颗粒中分离出来的，其具有236个氨基酸的蛋白质。Tachylectin-2具有五个结合位点，它能特异性地结合NAG、NDG等结构相似的配体，其单个多肽链中包含五个结合位点的特性，强烈地表明该结构具有与碳水化合物结合的特性，可以与病原体表面特异性识别。通过DiscoveryStudio和modeler等手段对tachylectin-2的三维结构进行预测，并验证其与具某些包含N-乙酰基的多糖的配体具有严格的特异性。基于此进一步探究其生物学活性与药物分子设计。

简介：采用经典的分子动力学方法研究室温下机械应变对单层黑磷纳米带在不同方向上热导率的影响．结果表明,机械应变通过改变声子态密度和平均自由程从而影响纳米带热导率．施加在扶手椅型方向上的应变使得声子态密度的峰值略微降低,而平均自由程显著增加,导致纳米带的热导率在应变的作用下显著提高．在锯齿型方向上,应变作用使得态密度峰值增强而自由程却略微下降,导致纳米带热导率增加相对缓慢．该发现不仅探究了机械应变与热导率之间的关系,同时也提供了一种能够可靠地估计黑磷声子平均自由程的方法．

简介：摘要：基于分子动力学模拟构建在锆合金表面的NiCr合金涂层在微观模型，用Atomsk建立原子模型，lammps构建Ni70Cr30模型；为模拟涂层材料在激光微熔下的变化，设定在周期性边界条件下，分子动力学模型采用NVT系综进行计算；为保证此多晶模型的有效性，采用EAM势函数，对激光微熔的升温融化和冷却结晶过程进行建模。

简介：摘要：本论文旨在研究环段模拟对接技术在船舶制造中的应用，以提升船舶制造过程中环段对接的精准度与制造效率。在船舶制造中，模拟对接的过程对于环段一体化项目至关重要。该过程利用全站仪测量关键结构点的三维坐标信息，通过模拟分析，验证两环段的匹配关系，从而预判端面间的对接情况。目前的业务现状，模拟数据及测量数据多以纸质记录为主，管理效率低，不易追溯和查询。为了提高效率和数据可视化，我们提出数字化管理分析方案，在IGIX平台开发环段对接数据管理模块，将模拟对接流程中产生的数据以可编辑、可筛选、可存储、可分析的形式进行一体化管理，同时借助可视化工具，将其归纳分类，并以表格、曲线及其他图形化模式展现给管理人员。

简介：摘要：本论文旨在研究环段模拟对接技术在船舶制造中的应用，以提升船舶制造过程中环段对接的精准度与制造效率。在船舶制造中，模拟对接的过程对于环段一体化项目至关重要。该过程利用全站仪测量关键结构点的三维坐标信息，通过模拟分析，验证两环段的匹配关系，从而预判端面间的对接情况。目前的业务现状，模拟数据及测量数据多以纸质记录为主，管理效率低，不易追溯和查询。为了提高效率和数据可视化，我们提出数字化管理分析方案，在IGIX平台开发环段对接数据管理模块，将模拟对接流程中产生的数据以可编辑、可筛选、可存储、可分析的形式进行一体化管理，同时借助可视化工具，将其归纳分类，并以表格、曲线及其他图形化模式展现给管理人员。

简介：【摘要】目的：利用网络药理学方法筛选葛根抗阿尔茨海默病（AD）的成分及靶点，初步探讨葛根多成分、多靶点抗AD的物质基础及机制。方法：采用TCMSP数据库（OB≥30、DL≥0.18）筛选葛根活性成分，TCMSP和SwissTargetPrediction数据库预测并分析葛根的关键靶点，DisGenet、GeneCards和PharmGKB数据库获取AD相关靶点，Uniprot数据库查询靶点对应的基因，String数据库联合Cystoscope（3.9.0）软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络图，DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析，AutoDockTools和Pymbol软件进行分子对接，验证关键成分与靶点的结合性。结果：从葛根中筛选出4个成分，303个靶点，其中与AD相关靶点257个，显著影响MAPK级联、类固醇代谢、外来刺激等2388条生物过程，涉及钙、MAPK、PI3K-Akt、cAMP等多个信号通路，经分子对接验证PPI网络中葛根抗AD的关键化合物与靶点之间有较好的结合性。结论：利用网络药理学方法初步确定了葛根抗AD的药效成分、作用靶点及其可能调控的信号通路，为进一步研究葛根抗AD的物质基础与机制提供了科学依据。

简介：摘要:目的：利用LMSDF数据库探究阻断RBD-ACE2结合或能特异性识别RBD-ACE2结合物的脂质分子。方法：借助Pymol、Autodock、Ligplot等软件及LMSDF 数据库。结果：筛选出可紧密与RBD-ACE2结合物结合的脂质分子。

简介：摘要小分子BH3模拟物，是一种十分理想的分子靶向抗癌药物，不过由于这种药物缺少足够的先导分子，因而在临床试验候选药物分子方面，仍具有分子药理机制的不足。人们对于BH3沟槽表面复杂功能、结构缺乏了解，使得药物分子理性设计受到限制。对此，应研究发现新的小分子BH3模拟物，能够在分子药理机制上发挥更大的优势。在研究分子靶向抗癌药物的过程中，采用此类小分子，对Bcl-2家族蛋白功能进行研究，使药物抗癌分子药理机制更为完善，了解BH3沟槽分子结构特征，进而为BH3模拟物理性设计提供依据。

简介：采用非平衡分子动力学（NEMD）方法模拟了立构规整的乙丙交替共聚物（alterna—tingisotacticPEP）和聚乙烯（PE）分子链的热传导过程，研究了支链对高分子链导热率的影响，并通过分析均方回转半径、径向分布函数以及均方位移与导热率的关系，进一步探讨了高分子链中热输运的微观机理．通过比较发现，主链上含支链的高分子链导热率较低；均方回转半径显示，高分子链的构象越稳定，导热率越高；径向分布函数显示，主链上碳原子分布越紧密，导热率越低；均方位移分析结果表明，主链上的支链使高分子链中的原子运动加剧，从而导致导热率降低．

简介：丝蛋白纤维材料是具有普适意义的天然生物材料，具有优良的生物相容性、生物可降解性、低炎症反应和优秀的机械性能。文章通过分子模拟手段，使用NAMD模拟纤维肽链在水溶液中的平衡过程，验证其在水分子作用下向silkⅠ结构的变化过程，并通过拉伸分子动力学探索其变化的机理。

简介：采用经典分子动力学模拟方法，研究了金刚石针尖的原子力显微镜(AFM)在提取和放置铁(Fe)晶体体心原子(次表层)的主要过程。分析了所建模型的局限性，提出了使用扫描隧道显微镜(STM)可以实现原子的双向操纵并采用更加精确的从头计算分子动力学方法模拟STM操纵原子的主要机理，同时指出了尚需解决的问题。