简介：摘要目的探究人体中与结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis，Mtb)Rv1705c蛋白相互作用的蛋白质。方法原核表达Rv1705c蛋白基因，收集包涵体，裂解后透析纯化Rv1705c并测定其浓度，ELISA法检测细菌Rv1705c刺激巨噬细胞后细胞因子IFN-γ的分泌量，使用纯化并带有生物素标记的Rv1705c孵育人蛋白质组芯片HuProt™，筛选与Rv1705c相互作用的人类蛋白质，使用GenePix Pro 6.0软件对蛋白质芯片的信号图像进行数据提取，使用GO、KEGG等多个数据库进行生物信息学分析，GST pulldown验证Rv1705c与PSMA3、RSAD2的相互作用。结果纯化结果显示，Rv1705c在包涵体中表达，Rv1705c刺激巨噬细胞后IFN-γ分泌量显著上升。芯片结果显示共筛选出了29个与Rv1705c相互作用的潜在阳性蛋白质，其中PSMA3、NLN、THOP1、UPF3A、RSAD2、OMG、PNKD、STEAP3、MED8共9个蛋白质的信噪比(signal-to-noise ratio，SNR)>1.6。进一步的生物信息学分析发现候选蛋白PSMA3、RSAD2、C1QBP参与固有免疫应答激活信号转导，并且PSMA3、RSAD2与干扰素存在交互作用，GST pulldown验证PSMA3、RSAD2与Rv1705c确有相互作用。结论发现并验证PSMA3、RSAD2与Rv1705c存在相互作用，为Mtb感染机制的研究提供参考。

简介：

简介：摘要绦虫病是一类严重危害人类健康的人兽共患寄生虫病，其药物治疗和疫苗防治是当今研究的热点，而目前蛋白质组学成为了研制疫苗和了解致病机制的重要工具。寄生虫不同发育阶段间蛋白质模式的差异可能反映了其在不断变化的环境和生命周期中所使用的特定策略和适应机制，故本文对多种绦虫的蛋白质组学研究进展作一综述，旨在为绦虫病的防治提供参考依据。

简介：摘要原发性肝癌是我国第4位常见恶性肿瘤及第2位肿瘤致死病因，研发新型生物标志物应用于肝癌患者的早诊早治对于提高生存率十分重要。目前临床上常见的肿瘤标志物大多是糖蛋白质，组学技术对于探索糖蛋白质在肝癌中的临床诊断价值具有重要作用。本文基于肿瘤临床诊断中的糖蛋白质标志物，分析了其诊断方法、问题与挑战；介绍针对糖蛋白质研究的相关技术，包括高通量组学和单一糖蛋白质检测方法，以及基于这些技术发现肝癌潜在的糖蛋白质标志物；并且展望糖蛋白质在肝癌临床诊断中的潜力与应用价值。

简介：摘要目的通过检测不同时间点肺爆震伤小鼠肺蛋白质组学变化，探究肺爆震伤损伤机制。方法60只健康雄性C57BL/6小鼠，随机（随机数字法）分为对照组、爆震后12 h组、24 h组、48 h组、72 h组及1周组（每组10只）。在北部战区总医院动物实验室进行实验，利用自主研发的精准爆震装置建立小鼠肺爆震伤模型；通过大体观察和HE染色评价肺组织损伤情况；基于液相色谱-串联质谱联用（liquid chromatography-tandem mass spectrometry，LC-MS/MS）的蛋白质组学技术对小鼠肺组织蛋白进行定量分析，筛选出差异表达蛋白，在此基础上利用生物信息学工具分析蛋白质组学变化。结果肺爆震伤后，小鼠肺组织表面可观察到散在出血点，且随时间延长逐渐增多，24 h出血最为严重。HE染色可见爆震后12 h和24 h的肺泡正常组织结构消失，肺泡腔内弥漫性出血，大量炎细胞浸润，肺间质渗出液增多，肺泡壁增厚，肺泡腔萎陷融合。LC-MS/MS共鉴定到6 861个蛋白质，定量到608个差异表达蛋白，其中在12、24、48、72 h及1周分别有227个、140个、202个、258个和71个差异蛋白。基因本体论（gene ontology, GO）分析得到包括细胞粘附、细胞外基质组织及胶原原纤维组织等130个生物进程子类，外泌体、细胞外基质及细胞质等66个细胞组分子类，以及细胞外基质结构组成、肌动蛋白结合及抗氧化活性等43个分子功能子类。KEGG分析共得到细胞外基质受体相互作用、黏着斑及PI3K-Akt信号通路等24个子类。结论小鼠肺爆震后早期不同时间点差异表达蛋白组合亦不同，损伤机制复杂，特别是12~24 h肺损伤最为严重，炎症反应显著。

简介：摘要目的建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA（microRNA，miRNA）靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA（hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683）的靶基因定位到STRING在线数据库（https：//string-db.org），筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化，通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数，筛选PPI网络的中心节点（度和介数均最高的节点）。同时，采用CytoHubba插件中的最大团中心（MCC）分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析，筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白质名称在线提交KOBAS v3.0数据库（http：//kobas.cbi.pku.edu.cn/），对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集分析。结果靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1（UBA52）的度（101）和介数（0.010 723 89）均最高，为PPI网络的中心节点。经MCC分析，UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块，5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络，筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。

简介：摘要病理性心脏重塑是多种心脏疾病的主要病理改变，表现为心肌肥厚和纤维化，并最终导致心力衰竭。心肌细胞作为一种终末分化细胞，增殖再生能力有限，因此蛋白质稳态对于心肌细胞生存和功能极其重要。细胞蛋白质稳态是指蛋白质的合成与降解过程达到动态平衡，其主要受到包括分子伴侣、泛素蛋白酶体、细胞自噬等3种途径在内的蛋白质质量控制系统的调节。近年的研究表明，心肌细胞蛋白质稳态在心脏稳态维持中发挥重要作用，蛋白质质量控制系统中任一环节出现异常均可能引起蛋白质毒性，从而导致病理性心脏重塑。该文综述了蛋白质稳态在心脏稳态维持中作用的新进展，并展望了通过调节蛋白质稳态治疗心脏疾病的前景。

简介：摘要蛋白质在生命活动中具有至关重要的作用，包括生长、发育、细胞分化及凋亡等过程均需要蛋白质发挥功能。目前对于蛋白质的研究越来越得到重视，现对研究蛋白质间、DNA-蛋白质、RNA-蛋白质相互作用的三种生物技术进行综述，主要从免疫共沉淀、染色质免疫沉淀、RNA免疫沉淀的定义、基本原理、优缺点及应用等方面进行阐述，并作出总结和展望。

简介：摘要蛋白质组学研究的对象是生命活动的直接执行者——蛋白质，蛋白质在人体的发育生长和疾病发生发展过程中起着至关重要的作用，是目前临床应用最广泛的标志物类型，也是最直接的药物作用靶标。近年来，以色谱和质谱技术为核心的蛋白组学技术的进步，推动了蛋白质组学研究在深度和广度上的快速发展，其在肝细胞癌临床队列样本研究中的应用，开启了“蛋白质组学驱动的精准医学”新时代。现对近年来蛋白质组学研究凸现的新技术、新方向和在肝癌研究中的新发现做一综述，为临床医生了解蛋白质组学，并利用蛋白质组学助力疾病的诊断和个性化治疗药物研发提供新的思路和参考。

简介：摘要目的分析糖尿病性认知功能障碍（DACD）大鼠脑白质差异蛋白质组学。方法20只SD大鼠分为对照组（10只）和2型糖尿病（T2DM）组（10只），对照组喂养标准饲料，T2DM组利用高脂高糖饮食联合腹腔注射链脲霉素建立T2DM模型。利用Morris水迷宫检测大鼠认知功能，使用弥散张量成像技术评价大鼠脑白质病变（WML）程度。通过蛋白质非标记定量技术（Label-free）进行脑白质差异蛋白质组学分析，对筛选出的差异蛋白质进行生物信息学分析，最后选取一些差异蛋白质进行Western blot验证。组间差异的比较采用独立样本t检验或Wilcoxon检验。结果共筛选到38种差异蛋白质：24个蛋白表达上调（差异倍数>2.0且P<0.05），14个蛋白表达下调（差异倍数<-2.0且P<0.05）。差异蛋白质主要分布在细胞膜、细胞质、外泌体等，主要参与神经系统发育、负向调控神经细胞的凋亡以及化学突触传递等生物学过程。差异蛋白质主要富集在4个信号通路上，且以脑源性神经营养因子、一氧化氮合酶1、神经调节素（GAP43）、囊泡谷氨酸转运蛋白1（SLC17A7）、动力蛋白1、代谢型谷氨酸受体5和氨基酸转运蛋白等蛋白为核心骨架，形成蛋白相互作用信息网络。结论差异蛋白质同时参与认知功能障碍及WML相关的多条信号通路，GAP43和SLC17A7可能是WML发病机制的关键靶点。

简介：摘要目的通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中蛋白质表达。方法选取北京大学人民医院5例未经治疗的肺腺癌患者，提取肿瘤组织和配对癌旁组织的总蛋白，通过高效液相色谱-质谱联用技术进行质谱分析。质谱原始数据使用Maxquant软件进行查库和非标记定量分析。Maxquant所得的查库文件使用Perseus软件进行分析。肺腺癌肿瘤组织与配对癌旁组织进行配对t检验，筛选出差异表达蛋白后并对差异蛋白进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以P<0.05为差异有统计学意义。结果通过数据库比对获得11 295条多肽，分别对应于908个蛋白，其中312个蛋白在肺腺癌中存在显著差异表达，110个蛋白表达上调，212个蛋白表达下调。肺癌中上调倍数最高的为铁蛋白，下调倍数最高的为COL6A3。GO分析提示肺腺癌中差异表达的蛋白主要富集的分子功能为RNA binding。KEGG通路分析也证实剪接体通路在差异表达蛋白中显著富集。结论通过非标记蛋白质组学技术发现312个在肺腺癌中显著差异表达的蛋白质。

简介：无

简介：摘要目的采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl)，分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本，采用BCA法进行蛋白定量并比较，采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L，明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L，差异有统计学意义(t＝11.977，P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质，其中86个差异表达蛋白质，包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等，分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明，86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路，15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路，8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明，随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。结论高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化，高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

简介：摘要乳腺癌是发生于乳腺上皮组织的恶性肿瘤，其病死率居女性肿瘤首位。近年来，磷酸化蛋白质组学研究广泛，与乳腺癌的发病、临床诊断和治疗等各个方面均密切相关。笔者系统性回顾了磷酸化蛋白质组学在肿瘤治疗中的研究和应用，并重点介绍乳腺癌磷酸化蛋白质组学的最新研究进展。

简介：摘要快速有效的止血和创面愈合对于挽救生命和提高生活质量至关重要。目前，传统的止血和促进伤口愈合材料效果有限，存在组织黏附效果不理想、免疫原性，二次损伤和感染风险等局限性，故亟待开发新型高效的材料。蛋白质基水凝胶因生物相容性好、可降解、可注射、机械性能可调、可湿粘接，在止血和促进伤口愈合领域受到越来越多的关注。笔者就蛋白质基水凝胶的定义及各种蛋白质基水凝胶止血和促进创面愈合的研究进展进行综述，为创面修复领域应用蛋白质基水凝胶提供参考。

简介：摘要内质网应激(ERS)是细胞应激反应的核心环节。根据ERS持续时间，可将其分为急性ERS和慢性ERS 2种类型。根据诱发ERS的原因，可将其分为未折叠蛋白质反应(UPR)、内质网过度负荷反应(EOR)和固醇调节元件结合蛋白质(SREBP)通路调节反应3种类型。WFS1基因编码的跨膜糖蛋白质Wolframin蛋白质，是内质网上的常驻跨膜蛋白质，亦是参与调控ERS的蛋白质。目前，对ERS的研究主要集中在缺血缺氧、葡萄糖缺乏、脂质过度负荷、Ca2＋紊乱等方面；对Wolframin蛋白质的相关研究，则主要集中在Wolfram综合征相应典型疾病，如糖尿病、视神经萎缩、双相情感障碍等方面。围生医学领域ERS与妊娠相关并发症密切相关，但是由于方法学等的滞涸，目前对ERS与子痫前期、妊娠期糖尿病(GDM)、妊娠期肝内胆汁淤积症等妊娠相关疾病研究的文献报道较少。笔者拟就激活ERS分类、Wolframin蛋白质与ERS关系，ERS介导的相应信号通路，Wolframin蛋白质在上述信号通路中的相应调控作用的最新研究等进行阐述，旨在为妊娠相关疾病的病理生理机制研究提供新的方向。

简介：摘要目的观察病理性近视（PM）患者房水标本中蛋白质表达谱的变化。方法横断面研究。2019年1~8月在天津医科大学眼科医院收集32例老年性白内障患者的房水样本进行质谱检测。其中，男性11例，女性21例；年龄58~76岁，平均年龄（68.41±6.09）岁。将合并PM的16例作为PM组，不合并近视的16例作为对照组。所有患者在白内障手术操作之前从手术眼收集100~150 μl前房水。采用蛋白定量和非标记液相色谱串联质谱分析，得到差异表达蛋白。随机选取5个差异蛋白进行ELISA验证。然后用基因注释功能富集、京都基因和基因组百科全书通路富集等生物信息学分析方法分析差异表达蛋白的功能。结果两组房水标本中共鉴定出583个可定量蛋白质，其中101个蛋白存在差异表达，包括63个上调蛋白和38个下调蛋白。ELISA验证结果显示，5个差异表达蛋白在PM组和对照组之间的表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果相一致。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、防御／免疫蛋白、蛋白质修饰酶、代谢物间转换酶、细胞外基质蛋白等。生物信息学分析表明，PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。结论PM患者房水标本中蛋白质表达谱较对照组有明显变化，这些差异变化提示PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

简介：摘要泛素化是泛素通过多级酶联反应与底物蛋白共价结合的过程。当易于聚集的泛素化蛋白质堆积而不被及时清理掉时，会威胁细胞的健康和生存能力。然而，一些关键蛋白质的泛素化降解却能导致相关疾病的发生。本文总结了有关泛素化蛋白质的降解机制在眼科疾病发生发展过程中的研究进展，以期为临床诊疗提供新思路、新策略。(国际眼科纵览，2020, 44: 366-372)

简介：摘要目的探讨蛋白质摄入量对头颈肿瘤患者根治性放化疗期间黏膜损伤和营养状况的影响。方法选取2018年7月至2019年12月南京大学医学院附属鼓楼医院收治的72例头颈肿瘤患者的临床资料进行前瞻性研究。采用数字随机表法将患者分为2组，根据剔除标准，最终干预组纳入患者32例[男性27例、女性5例，年龄（51.67±12.92）岁]、对照组29例[男性23例、女性6例，年龄（56.03±8.26）岁]。干预组在常规膳食基础上接受在院蛋白质补充方案[补充乳清蛋白粉50 g/d，使总蛋白质摄入量达1.5~2.0 g/（kg·d）]；对照组采用在院常规膳食方案[蛋白质摄入量为1.0~1.2 g/（kg·d）]。所有患者均采用根治性同步放化疗方案。比较治疗前后2组患者的黏膜损伤程度、营养指标变化、治疗疗效和相关并发症。计数资料的比较采用四格表χ2检验；两样本均数的比较采用成组t检验。结果2组患者在年龄、身高、血压、心率（t=-1.59~1.26）、性别、学历和病种（鼻咽癌与其他疾病）（χ2=0.01~0.45）方面的差异均无统计学意义（均P>0.05）。在口腔黏膜损伤方面，干预组患者的损伤程度低于对照组[16%（5/32）对38%（11/29）]，且差异有统计学意义（χ2=3.913，P=0.04）；在营养指标方面，干预组与对照组比较，除了骨骼肌、体脂肪和血红蛋白外，干预组在体重[（-2.80±2.66） kg对（-4.85±2.35） kg，t=3.18，P<0.01]、体重指数[（-1.00±0.95） kg/m2对（-1.81±0.89） kg/m2，t=3.38，P<0.01]、握力[（5.59±4.20） kg对（2.59±5.32） kg，t=2.46，P=0.02]和血清白蛋白[（-1.40±3.37）g/L对（-3.07± 2.92） g/L，t=2.06，P=0.04]指标的维持上均优于对照组。2组在疗效评价、腹泻、便秘和发热指标上的差异均无统计学意义（χ2=0.24~1.30，均P>0.05）。结论在头颈肿瘤根治性放化疗中，补充蛋白质有缓解患者放射性黏膜损伤程度的作用，在保持患者营养指标上也具有优势。

简介：摘要目的利用朊病毒感染细胞模型，探索朊病毒清除过程中外泌体内蛋白的差异表达。方法利用同位素标记相对与绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation, iTRAQ)技术，分别从朊病毒感染细胞系SMB-S15、对照细胞系SMB-PS以及暴露于白藜芦醇4 d(RES4)和8 d(RES8)的SMB-S15细胞中提取外泌体，并对这些提取的外泌体中蛋白进行蛋白质组学分析。结果从4种细胞来源的外泌体中总计检出4 809种蛋白质，随着朊病毒的清除，外泌体中蛋白质变化多样，其中下调蛋白略多于上调蛋白。可能涉及的重要通路包括帕金森综合症、阿尔兹海默症和亨廷顿病等神经退行性疾病相关通路。结论在用白藜芦醇和硫酸戊糖清除朊病毒过程中，随着朊病毒的清除，细胞间外泌体中蛋白质随之发生变化，提示外泌体可能参与朊病毒在细胞间的传递。