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  • 简介:摘要目的对安徽新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例标本进行新型冠状病毒核酸检测,分析各类标本检出情况,为病例确诊及判断样本带毒风险提供依据。方法采用实时荧光RT-PCR方法检测197病例466份临床标本,病毒靶基因为ORF1ab和N,应用卡方检验探讨不同标本在不同临床分型和发病时间核酸阳性率差异。结果COVID-19病例痰液标本在各临床标本中阳性率最高94.67%(160/169),其次为咽拭子88.83%(159/179),血清6.78%(4/59),全血标本阳性率较低,为5.08%(3/59)。发病0~7 d普通型患者咽拭子阳性率和痰液阳性检出率差异有统计学意义(χ2=8.994,P=0.003)。结论痰液标本核酸阳性检出率高于咽拭子标本,COVID-19病例血液标本存在病毒核酸,存在感染风险。

  • 标签: 新型冠状病毒肺炎 新型冠状病毒 实时荧光RT-PCR
  • 简介:摘要目的建立新型冠状病毒分离和培养方法,为抗新型冠状病毒药物研发和动物实验打下理论基础并提供实验依据,同时探究病毒TCID50与基因拷贝数之间可能存在的数量关系。方法采集本省一例新型冠状病毒感染的肺炎患者的咽拭子标本,将处理后的标本接种于Vero细胞并进行病毒分离,通过qPCR和二代测序鉴定该分离毒株,同时测定该毒株的半数组织细胞感染量(50% tissue culture infection dose,TCID50)。稀释质粒标准品并进行qPCR,建立标准品线性回归曲线,检测不同代次、不同TCID50的病毒基因拷贝数。结果将标本接种于Vero细胞后,24~72 h未发现明显细胞病变效应(Cytopathogenic effect,CPE),96 h细胞出现明显CPE,可判定为+,120 h细胞全部发生病变。结论新型冠状病毒可在Vero细胞系中增殖,并可连续传代;在限定病毒传代次数等条件下,病毒TCID50和病毒基因拷贝数之间存在对应的数量关系,可实现二者间的替换。

  • 标签: 新型冠状病毒 病毒分离 TCID50
  • 简介:摘要目的分析甘肃发现的人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法对甘肃2016年流感样病例中发现并确诊的1例人感染H9N2禽流感病毒病例进行病原学分析,并使用MEGA 7.0等软件解析该毒株全基因组特征。结果该毒株HA、NA、MP、NP、NS、PA、PB1和PB2各个基因片段与甘肃2014-2019年外环境中分离获得的H9N2禽流感病毒各基因片段高度相似,且均>90%;其HA基因属于BJ/94-like支系,PB2和MP属于G1/97-like支系,PB1、PA、NS和NP基因属于F/98-like支系,MP和PB2与H7N9、H10N8和H5N6亲缘关系较近;氨基酸序列比对发现HA裂解位点呈PSRSSR↓GLF排列,发生H183N和Q226L突变,有7个HA糖基化位点;NA茎部62~64位均缺失ITE 3个氨基酸;M2-31N、NS1-42S、PA-356R和PA-409N突变。结论人感染H9N2禽流感病毒为偶发感染,但甘肃省外环境中分离的H9N2禽流感病毒具有一系列哺乳动物适应性分子标记,提示人群感染风险较高,需多部门加强监测,共同应对流感大流行。

  • 标签: H9N2禽流感病毒 全基因组 序列比对 人感染