简介：摘要目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测，并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析，为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》，对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理，提取病毒RNA后，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序，编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别，再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列，Mega5.2软件构建基因进化树，分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本，两地皆以A组肠道病毒为主，B组肠道病毒有少量报告，CVA16居病原谱第一位。其中CVA2 5份，检出率为0.67%(5/749)，为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明，昆明市3株为基因型A，曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%，CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明，两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测，对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

简介：摘要目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本，应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定，通过在线分析平台和软件，判断病毒型别，分析病毒突变情况，结合流调内容，推测疫情病毒感染来源。结果12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样，且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株，其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明，有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点，结合流行病学调查内容，提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现，病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外，还具有特有的氨基酸突变位点(如S：E1188D)，其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源，这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次，跟踪监测病毒变异规律，对疫情精准防控具有重要指导意义。

简介：摘要目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本，从便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP4区基因并测序，序列在GenBank进行BLAST搜索确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别鉴定，按文献下载各病原体VP1区基因型/亚型代表株序列，用MEGA5.2软件构建基因进化树，分析各病原体的基因特征。结果2020年共从460份标本中检测到47株EV，总阳性检出率为10.22%(47/460)。检出的病毒依次为柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4, CVA4，0.65%，3/460)、CVA6 (7.83%，36/460)、CVA10(0.87%，4/460)和CVA16(0.87%，4/460)，全为A组病毒(enterovirus species A，EVA)，未检测到其他组病毒，其中CVA6检出36株，占7.83%，是检出最多的病毒。EVA71的检出率为零。基因特征分析表明，CVA4的C2、C4两个基因亚型同时在曲靖市流行，CVA6的D3a亚型、CVA16的B1a亚型也在曲靖市流行，而CVA10单独为一个进化分支，可能为曲靖市特有。结论与往年全国的情况一样，EVA71和CVA16的检出率少甚至为零，而CVA6检出率最高，说明2020年曲靖市发生了以CVA6为主的手足口病流行。CVA10基因进化分析表明，曲靖市分离株位于单独的进化分支，可能是曲靖市特有的分支。今后应加强非EVA71和非CVA16尤其是CVA6和CVA10等病毒的实验室和分子流行病学监测。

简介：摘要目的了解2019年云南省曲靖地区手足口病（HFMD）病原学特征。方法采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本，从粪便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒（EV）VP4区基因并测序，序列在GenBank确定病毒型别，用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具（Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1）进行病毒型别初步鉴定，之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果470份样本中共检测到62株EV毒株，总阳性检出率为13.19%，其中EV-A组病毒42株（8.94%），EV-B组病毒9株（1.91%），EV-C组病毒11株（2.34%），全为脊灰病毒1型疫苗株（Sabin株），未检测到肠道病毒71型（EV-A71）和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型（CV-A10，4.47%，21株）、柯萨奇病毒A16型（CV-A16，2.55%，12株）、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株（2.34%，11株）和CV-A6（1.70%，8株）。结论2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6，未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比，曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变，今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。

简介：摘要目的对2014—2018年云南省文山州手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例进行病原分析，并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6, CV-A6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒，提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP1区全序并测序；按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列，用MEGA5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2 848份标本中分离到581株EV，病毒分离率为20.40%(581/2 848)。581株病毒中CV-A6 74份，占阳性总数的12.74%(74/581)，CV-A16 124份，占21.34%(124/581)，EV-A71 374份，占64.37%(374/581)。其他病毒9份，占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树，排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-A6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析，文山州所有22株均为D3a亚型，其中21株为分支1(cluster 1), 1株为分支2(cluster 2)。结论2014—2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-A6(占12.74%)为主。基因特征分析表明，跟往年全国的情况一样，云南省文山州2014—2018年流行的CV-A6为D3a基因亚型，其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。

简介：摘要目的了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养，通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株，进一步对其VP1区进行序列测定，并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株，共同构建系统进化树，分析CV-A12的VP1区基因特征。结果获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp)，与2018年的云南参考株毒株同源性最高，其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。

简介：摘要传染病继续成为全球发病死亡主要原因之一，影响公众健康生命、社会经济发展甚至国家安全。早期探测重点是及时、敏感地发现传染病暴发流行异常信息，并进行现场调查和核实，也是有效监测、预警系统的前期；有效监测、预警系统能够全面准确地认识特定传染病暴发流行可能发生的事实条件、驱动因素和传播链，并提出科学有效预防控制策略措施；因衡量收集具体数据的资源支撑和价值大小，难以及时、完整、准确地获得流行病学、病原学等数据信息。本文综述传染病早期探测、有效监测、有效预警理论技术，整合利用中国有效传染病监测预警体系和多时空节点触发与多学科渠道监测暴发流行情况、病因、风险、过程和驱动因素的多源数据，构建运行敏感特异、分期度量的中国（急性）传染病监测、预警和响应创新技术体系，为加强新发重大传染病和传染病突发公共卫生事件监测预警、避免应对不力传染病蔓延与防止过度响应资源浪费提供依据。

简介：摘要艰难梭菌是引起抗生素相关性腹泻和医疗机构相关性腹泻的重要病原，在欧美引起暴发流行，造成沉重疾病负担。然而我国艰难梭菌感染调查缺乏统一的诊断原则和检测技术规范，我国艰难梭菌感染率和疾病负担尚不明确。因此中国CDC传染病预防控制所联合全国其他11家单位撰写《艰难梭菌感染诊断（T/CPMA 008-2020）》中华预防医学会团体标准，以“合法性、科学性、先进性、可行性”为原则，给出了艰难梭菌感染的危险因素、诊断原则、诊断和鉴别诊断。旨在提高临床感染性腹泻中艰难梭菌感染诊断的准确性，指导监测工作开展，明确我国艰难梭菌感染的风险和疾病负担。